libscane - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

libscan - Tìm kiếm chẩn đoán các họ protein.

SYNOPSIS

quét lib -chế độ -grip boolean -henik boolean -ừm boolean -sam boolean -pssm boolean
-sig boolean -hmmpath chuỗi -hmextn chuỗi -hmoutpath chuỗi -hmmouttextn chuỗi
-sampath chuỗi -samextn chuỗi -samoutpath chuỗi -samouttext chuỗi
-pssmpath chuỗi -pssmextn chuỗi -niter số nguyên -thông mới phao -maxhit số nguyên
-pssmoutpath chuỗi -pssmouttextn chuỗi -gbvpath chuỗi -gbvextn chuỗi
-gbvgapo phao -gbvgape phao -gbvoutpath chuỗi -gbvoutexn chuỗi
-hnfpath chuỗi -hnfextn chuỗi -hnfgapo phao -hnfgape phao -hnfoutpath chuỗi
-hnfotextn chuỗi -sigpath chuỗi -sigextn chuỗi -nterm -phụ ma trận
-siggapo phao -siggape phao -sigoutpath chuỗi -sigoouttextn chuỗi -db bộ tiếp theo
-scopf trong tập tin

quét lib -Cứu giúp

MÔ TẢ

quét lib là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Protein: 3D Structure".

LỰA CHỌN

-chế độ
libscan chạy ở một trong hai chế độ (i) chế độ tìm kiếm cơ sở dữ liệu hoặc (ii) thư viện
chế độ màn hình. Trong chế độ tìm kiếm cơ sở dữ liệu, libscan đọc một hoặc nhiều thư mục mỗi
chứa một loại phần tử phân biệt duy nhất, các loại được phép là thưa thớt
chữ ký trình tự, hồ sơ Gribskov, hồ sơ Henikoff hoặc mô hình Markov ẩn. Trong
chế độ màn hình thư viện, libscan đọc một tập hợp trình tự, sàng lọc từng trình tự với
thư viện (thư mục của các phần tử phân biệt) và ghi tệp quét thư viện (trong số
các gia đình có điểm số cao nhất) cho mỗi gia đình. Giá trị mặc định: 2

-grip boolean
Giá trị mặc định: N

-henik boolean
Giá trị mặc định: N

-ừm boolean
Giá trị mặc định: N

-sam boolean
Giá trị mặc định: N

-pssm boolean
Giá trị mặc định: Y

-sig boolean
Giá trị mặc định: N

-hmmpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./ lib /

-hmextn chuỗi
Giá trị mặc định: .hmm

-hmoutpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-hmmouttextn chuỗi
Giá trị mặc định: .hmmout

-sampath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-samextn chuỗi
Giá trị mặc định: .mod

-samoutpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-samouttext chuỗi
Giá trị mặc định: .samout

-pssmpath chuỗi
Giá trị mặc định: / data / structure / lib / pssm /

-pssmextn chuỗi
Giá trị mặc định: .chk

-niter số nguyên
Giá trị mặc định: 1

-thông mới phao
Giá trị mặc định: 100

-maxhit số nguyên
Giá trị mặc định: 1000

-pssmoutpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-pssmouttextn chuỗi
Giá trị mặc định: .pssmout

-gbvpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-gbvextn chuỗi
Giá trị mặc định: .grib

-gbvgapo phao
Giá trị mặc định: 10.0

-gbvgape phao
Giá trị mặc định: 0.5

-gbvoutpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-gbvoutexn chuỗi
Giá trị mặc định: .gribout

-hnfpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-hnfextn chuỗi
Giá trị mặc định: .henik

-hnfgapo phao
Giá trị mặc định: 10.0

-hnfgape phao
Giá trị mặc định: 0.5

-hnfoutpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-hnfotextn chuỗi
Giá trị mặc định: .henikout

-sigpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-sigextn chuỗi
Giá trị mặc định: .sig

-nterm
Giá trị mặc định: 1

-phụ ma trận
Giá trị mặc định: EBLOSUM62

-siggapo phao
Giá trị mặc định: 10.0

-siggape phao
Giá trị mặc định: 0.5

-sigoutpath chuỗi
Giá trị mặc định: ./

-sigoouttextn chuỗi
Giá trị mặc định: .sigout

-db bộ tiếp theo
Trong chế độ tìm kiếm cơ sở dữ liệu, libscan quét từng phần tử phân biệt với một chuỗi
bộ. Trong chế độ màn hình thư viện, libscan đọc một tập hợp trình tự và sàng lọc từng trình tự
chống lại thư viện (thư mục của các phần tử loại bỏ) Giá trị mặc định: 49142.vdhf

-scopf trong tập tin
Ở cả hai chế độ, cần có 'tệp phân loại phạm vi' làm nguồn của họ
dữ liệu phân loại. Tệp phân loại phạm vi chứa phân loại và dữ liệu khác
cho các miền từ cơ sở dữ liệu phạm vi. Tệp có định dạng giống như embl và được tạo
theo phạm vi. Thông tin trình tự miền có thể được thêm vào tệp bằng cách sử dụng scopseqs.
Giá trị mặc định: /data/osystem/dcf/scop_raw.dcf

Sử dụng libscane trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net