mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Đăng ký phi tuyến tính của một loạt hình ảnh 2D.

SYNOPSIS

mia-2dmyoset-all2one-không cứng nhắc -i -o [tùy chọn]

MÔ TẢ

mia-2dmyoset-all2one-không cứng nhắc Chương trình này chạy đăng ký không cứng nhắc của một loạt
hình ảnh được đưa ra trong một tập hợp hình ảnh. Tất cả các hình ảnh được đăng ký cho một tài liệu tham khảo do người dùng xác định
hình ảnh.

LỰA CHỌN

Tệp-IO
-i --in-file = (đầu vào, bắt buộc); dây
đầu vào bộ dữ liệu tưới máu

-o --out-file = (đầu ra, bắt buộc); dây
tập dữ liệu tưới máu đầu ra

--out-filebase = reg
basae tên tệp cho các tệp đã đăng ký, loại tệp được trừ khỏi hình ảnh
loại tệp trong tập dữ liệu đầu vào.

Đăng Ký
-k --skip = 0
Bỏ qua hình ảnh ở đầu loạt ảnh Bỏ qua hình ảnh ở đầu
bộ

-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.1
Trình tối ưu hóa được sử dụng để giảm thiểu

-l --mg-mức = 3
nhiều cấp độ phân giải đa cấp độ phân giải

-f --transForm = spline
kiểu chuyển đổi kiểu chuyển đổi Đối với các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: hình ảnh / biến đổi 2d

-r --ref = -1
hệ quy chiếu (-1 == sử dụng hình ảnh ở giữa) hệ quy chiếu (-1 == sử dụng
hình ảnh ở giữa)

Trợ giúp & Thông tin
-V --verbose = cảnh báo
tính chi tiết của đầu ra, in các thông báo ở cấp độ đã cho và mức độ ưu tiên cao hơn.
Các ưu tiên được hỗ trợ bắt đầu từ cấp thấp nhất là:
Thông tin - Tin nhắn cấp thấp
theo dõi - Chức năng theo dõi cuộc gọi
không - Báo cáo lỗi kiểm tra
cảnh báo - Cảnh báo
lôi - Báo cáo lỗi
gỡ lỗi - Đầu ra gỡ lỗi
tin nhắn - Tin nhắn bình thường
gây tử vong - Chỉ báo cáo các lỗi nghiêm trọng

- bản quyền
in thông tin bản quyền

-h - trợ giúp
in cái này giúp

-? --sử dụng
in một trợ giúp ngắn

--phiên bản
in số phiên bản và thoát

Chế biến
--threads = -1
Số luồng tối đa cần sử dụng để xử lý, Con số này phải thấp hơn
hoặc bằng số lõi xử lý logic trong máy. (-1:
ước tính tự động). Số luồng tối đa để sử dụng để xử lý, Điều này
số phải thấp hơn hoặc bằng số lõi bộ xử lý logic trong
máy. (-1: ước tính tự động).

BỔ SUNG: 1d / splinebc

gương Spline nội suy điều kiện biên phản ánh trên biên

(không có tham số)

lặp lại Điều kiện biên nội suy Spline lặp lại giá trị tại biên

(không có tham số)

không Spline nội suy điều kiện biên giả định bằng XNUMX cho các giá trị bên ngoài

(không có tham số)

BỔ SUNG: 1d / splinekernel

đường bspline Tạo hạt nhân B-spline, các tham số được hỗ trợ là:

d = 3; int trong [0, 5]
Spline độ.

mẹ Tạo hạt nhân OMoms-spline, các tham số được hỗ trợ là:

d = 3; int trong [3, 3]
Spline độ.

BỔ SUNG: 2dimage / chi phí

lnc tương quan chéo chuẩn hóa cục bộ với hỗ trợ tạo mặt nạ., các tham số được hỗ trợ
là:

w = 5; uint trong [1, 256]
một nửa chiều rộng của cửa sổ được sử dụng để đánh giá dấu chéo được bản địa hóa
tương quan.

lsd Đo khoảng cách bình phương tối thiểu

(không có tham số)

mi Thông tin tương hỗ dựa trên Spline parzen., Các tham số được hỗ trợ là:

cắt = 0; float trong [0, 40]
Phần trăm pixel cần cắt ở cường độ cao và thấp để loại bỏ
những ngoại lệ.

mbin = 64; uint trong [1, 256]
Số lượng ngăn biểu đồ được sử dụng cho hình ảnh chuyển động.

hạt nhân = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
Hạt nhân Spline cho hình ảnh chuyển động parzen hinstogram. Đối với các trình cắm được hỗ trợ
xem PLUGINS: 1d / splinekernel

rbin = 64; uint trong [1, 256]
Số lượng ngăn biểu đồ được sử dụng cho hình ảnh tham chiếu.

hạt nhân = [bspline: d = 0]; xưởng sản xuất
Nhân spline cho hình ảnh tham chiếu parzen hinstogram. Đối với plug-in được hỗ trợ-
trong xem PLUGINS: 1d / splinekernel

NCC tương quan chéo chuẩn hóa.

(không có tham số)

ngf Chức năng này đánh giá độ tương tự của hình ảnh dựa trên gradient chuẩn hóa
lĩnh vực. Có nhiều hạt nhân đánh giá khác nhau, các tham số được hỗ trợ là:

đánh giá = ds; mệnh lệnh
loại phụ plugin. Các giá trị được hỗ trợ là:
sq - bình phương của sự khác biệt
ds - bình phương của sự khác biệt theo tỷ lệ
dot - nhân sản phẩm vô hướng
đi qua - nhân sản phẩm chéo

SSD Chi phí hình ảnh 2D: tổng của sự khác biệt bình phương, các tham số được hỗ trợ là:

đánh răng tự động = 0; float trong [0, 1000]
Sử dụng tạo mặt nạ tự động cho hình ảnh chuyển động bằng cách chỉ lấy các giá trị cường độ
tích lũy lớn hơn ngưỡng đã cho.

định mức = 0; bool
Đặt liệu số liệu có được chuẩn hóa theo số lượng pixel hình ảnh hay không.

ssd-automask
Chi phí hình ảnh 2D: tổng của sự khác biệt bình phương, với quá trình tự động hóa dựa trên
các ngưỡng, thông số được hỗ trợ là:

đánh đập = 0; kép
Giá trị cường độ ngưỡng cho hình ảnh tham chiếu.

đập mạnh = 0; kép
Giá trị cường độ ngưỡng cho hình ảnh nguồn.

BỔ SUNG: 2dimage / fullcost

hình ảnh Chức năng chi phí tương tự hình ảnh tổng quát cũng xử lý đa độ phân giải
Chế biến. Phép đo độ tương tự thực tế được cung cấp thêm tham số.,
các tham số được hỗ trợ là:

chi phí = ssd; xưởng sản xuất
Hạt nhân hàm chi phí. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 2dimage / cost

gỡ lỗi = 0; bool
Lưu các vị trí trung gian để gỡ lỗi.

ref = (đầu vào, chuỗi)
Hình ảnh tham chiếu.

src = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu hình ảnh.

trọng lượng = 1; trôi nổi
trọng số của hàm chi phí.

hình ảnh
Hàm chi phí tương tự ánh xạ nhãn của hai hình ảnh và xử lý nhãn-
duy trì quá trình xử lý đa độ phân giải., các tham số được hỗ trợ là:

gỡ lỗi = 0; int trong [0, 1]
viết các biến đổi khoảng cách thành hình ảnh 3D.

nhãn tối đa = 256; int trong [2, 32000]
số lượng nhãn tối đa cần xem xét.

ref = (đầu vào, chuỗi)
Hình ảnh tham chiếu.

src = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu hình ảnh.

trọng lượng = 1; trôi nổi
trọng số của hàm chi phí.

hình ảnh mặt nạ
Hàm chi phí tương tự hình ảnh được che mặt nạ tổng quát cũng xử lý đa
xử lý độ phân giải. Các mặt nạ được cung cấp phải được lấp đầy bởi các khu vực
xử lý đa độ phân giải vì nếu không thông tin mặt nạ có thể bị mất
khi giảm tỷ lệ hình ảnh. Mặt nạ tham chiếu và mặt nạ đã biến đổi của
hình ảnh nghiên cứu được kết hợp bởi AND nhị phân. Phép đo độ tương đồng thực tế được đưa ra
es tham số phụ., các tham số được hỗ trợ là:

chi phí = ssd; xưởng sản xuất
Hạt nhân hàm chi phí. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 2dimage / maskedcost

ref = (đầu vào, chuỗi)
Hình ảnh tham chiếu.

mặt nạ tái tạo = (đầu vào, chuỗi)
Mặt nạ hình ảnh tham chiếu (nhị phân).

src = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu hình ảnh.

src-mặt nạ = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu mặt nạ hình ảnh (nhị phân).

trọng lượng = 1; trôi nổi
trọng số của hàm chi phí.

BỔ SUNG: 2dimage / io

bmp Hỗ trợ đầu vào / đầu ra hình ảnh 2D BMP

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .BMP, .bmp

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, 8 bit không dấu, 16 bit không dấu

kho dữ liệu IO ảo đến và đi từ nhóm dữ liệu nội bộ

Phần mở rộng tệp được công nhận:. @

đi đôi Io hình ảnh 2D cho DICOM

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .DCM, .dcm

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 16 bit, 16 bit chưa ký

exr một plugin 2dimage io cho hình ảnh OpenEXR

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .EXR, .exr

Các loại phần tử được hỗ trợ:
32 bit không dấu, dấu phẩy động 32 bit

jpg một plugin 2dimage io cho hình ảnh jpeg xám tỷ lệ

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Các loại phần tử được hỗ trợ:
không dấu 8 bit

png một plugin 2dimage io cho hình ảnh png

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .PNG, .png

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, 8 bit không dấu, 16 bit không dấu

nguyên Hỗ trợ đầu ra hình ảnh RAW 2D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .RAW, .raw

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64
bit

tif Hỗ trợ đầu vào / đầu ra hình ảnh 2D TIFF

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, 8 bit không dấu, 16 bit không dấu, 32 bit không dấu

vista một plugin 2dimage io cho hình ảnh vista

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .V, .VISTA, .v, .vista

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64
bit

BỔ SUNG: 2dimage / maskedcost

lnc tương quan chéo chuẩn hóa cục bộ với hỗ trợ tạo mặt nạ., các tham số được hỗ trợ
là:

w = 5; uint trong [1, 256]
một nửa chiều rộng của cửa sổ được sử dụng để đánh giá dấu chéo được bản địa hóa
tương quan.

mi Thông tin tương hỗ dựa trên spline parzen với mặt nạ., Các tham số được hỗ trợ là:

cắt = 0; float trong [0, 40]
Phần trăm pixel cần cắt ở cường độ cao và thấp để loại bỏ
những ngoại lệ.

mbin = 64; uint trong [1, 256]
Số lượng ngăn biểu đồ được sử dụng cho hình ảnh chuyển động.

hạt nhân = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
Hạt nhân Spline cho hình ảnh chuyển động parzen hinstogram. Đối với các trình cắm được hỗ trợ
xem PLUGINS: 1d / splinekernel

rbin = 64; uint trong [1, 256]
Số lượng ngăn biểu đồ được sử dụng cho hình ảnh tham chiếu.

hạt nhân = [bspline: d = 0]; xưởng sản xuất
Nhân spline cho hình ảnh tham chiếu parzen hinstogram. Đối với plug-in được hỗ trợ-
trong xem PLUGINS: 1d / splinekernel

NCC tương quan chéo chuẩn hóa với hỗ trợ che.

(không có tham số)

SSD Tổng của sự khác biệt bình phương với mặt nạ.

(không có tham số)

BỔ SUNG: 2dimage / biến đổi

tinh Phép biến đổi liên kết (sáu bậc tự do)., Các tham số được hỗ trợ là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

cứng nhắc Các phép biến đổi cứng nhắc (tức là phép quay và phép tịnh tiến, ba độ của
tự do)., các tham số được hỗ trợ là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

trung tâm thối = [[0,0]]; 2dfvector
Tâm quay tương đối, tức là <0.5,0.5> tương ứng với tâm của
hỗ trợ hình chữ nhật.

luân chuyển Phép biến đổi phép quay (tức là phép quay quanh một tâm nhất định, một độ
tự do)., các tham số được hỗ trợ là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

trung tâm thối = [[0,0]]; 2dfvector
Tâm quay tương đối, tức là <0.5,0.5> tương ứng với tâm của
hỗ trợ hình chữ nhật.

lươi gà Phép biến đổi dạng tự do có thể được mô tả bằng tập hợp các hệ số B-spline
và một nhân B-spline bên dưới., các tham số được hỗ trợ là:

cách ly = [[0,0]]; 2dfvector
tỷ lệ hệ số dị hướng tính bằng pixel, các giá trị không dương tính sẽ là
bị ghi đè bởi giá trị 'tỷ lệ' ..

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

hạt nhân = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
hạt nhân chuyển đổi spline .. Để biết các trình cắm được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

hình phạt =; xưởng sản xuất
Chuyển đổi thời hạn phạt. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 2dtransform / splinepenalty

tỷ lệ = 10; float trong [1, inf)
tỷ lệ hệ số đẳng hướng tính bằng pixel.

dịch Chỉ dịch (hai bậc tự do), các tham số được hỗ trợ là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

vf Trình cắm này thực hiện một phép chuyển đổi xác định một bản dịch cho mỗi
điểm của lưới xác định miền của chuyển đổi., được hỗ trợ
tham số là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

BỔ SUNG: 2dtransform / splinepenalty

tiết lộ hình phạt divcurl khi chuyển đổi, các tham số được hỗ trợ là:

quăn lại = 1; float trong [0, inf)
trọng lượng phạt trên cuộn tròn.

div = 1; float trong [0, inf)
trọng số phạt về phân kỳ.

định mức = 0; bool
Đặt thành 1 nếu hình phạt phải được chuẩn hóa đối với hình ảnh
kích cỡ.

trọng lượng = 1; float trong (0, inf)
trọng lượng của năng lượng phạt.

THÍ DỤ

Đăng ký chuỗi truyền dịch được cung cấp trong segment.set bằng cách tối ưu hóa dựa trên spline
chuyển đổi với tỷ lệ hệ số 16 pixel bằng cách sử dụng Thông tin lẫn nhau và phạt
phép biến đổi bằng cách sử dụng divcurl với trọng số là 2.0.

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i segment.set -o register.set
-f spline: rate = 16, penalty = [divcurl: weight = 2.0] image: cost = mi, weight = 2.0

(Các) TÁC GIẢ

Gert Wollny

BẢN QUYỀN

Phần mềm này là Bản quyền (c) 1999‐2015 Leipzig, Đức và Madrid, Tây Ban Nha. Nó đến
với TUYỆT ĐỐI KHÔNG CÓ BẢO HÀNH và bạn có thể phân phối lại nó theo các điều khoản của GNU
GIẤY PHÉP CÔNG CỘNG CHUNG Phiên bản 3 (hoặc mới hơn). Để biết thêm thông tin, hãy chạy chương trình với
tùy chọn '--copyright'.

Sử dụng mia-2dmyoset-all2one-nonrigid trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net