Tiếng AnhTiếng PhápTiếng Tây Ban Nha

Chạy máy chủ | Ubuntu > | Fedora > |


Biểu tượng yêu thích OnWorks

miniasm - Trực tuyến trên đám mây

Chạy miniasm trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks qua Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS

Đây là lệnh miniasm có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN


miniasm - trình hợp dịch de novo cho các chuỗi đọc dài

SYNOPSIS


miniasm [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f Đọc tài liệu] [-n
nRounds] [-r dropRatio] [-F finalDropRatio] [-p outputInfo] mapping.paf > output.gfa

MÔ TẢ


Miniasm là một trình biên dịch de novo dựa trên OLC rất nhanh cho các lần đọc dài ồn ào. Nó mất tất cả-vs-
tất cả đều đọc các ánh xạ tự ở định dạng PAF dưới dạng đầu vào và đầu ra một biểu đồ lắp ráp trong GFA
định dạng. Khác với các trình lắp ráp chính thống, miniasm không có bước đồng thuận. Nó
chỉ cần nối các phần của chuỗi đã đọc để tạo ra các chuỗi unitig cuối cùng. Như vậy
tỷ lệ lỗi trên mỗi cơ sở tương tự như các lần đọc đầu vào thô.

LỰA CHỌN


Bảo vệ trước lựa chọn
-m INT Thả ánh xạ có ít hơn INT các bazơ phù hợp (col10 trong PAF) [100]. Cái này
tùy chọn có vai trò giống như -L của bản đồ nhỏ.

-s INT Thả ánh xạ ngắn hơn INT-bp [1000]. Tùy chọn này cũng ảnh hưởng đến thứ hai
vòng lọc đọc và độ dài chồng chéo tối thiểu.

-i PHAO NỔI Trong quá trình lọc đọc, bỏ qua ánh xạ với col10 / col11 bên dưới PHAO NỔI [0.05.
Các ánh xạ bị bỏ qua vẫn được sử dụng để đọc các chồng chéo.

-c INT Mức độ bao phủ tối thiểu của các lần đọc khác [3]. Trong vòng lọc đầu tiên, miniasm
tìm khu vực dài nhất được bao phủ bởi INT hoặc nhiều lần đọc. Trong vòng thứ hai, nó
ngoài ra yêu cầu mỗi cơ sở còn lại phải được bao phủ bởi INT căn cứ ít nhất
minSpan/ 2 từ cuối các bài đọc khác.

Chồng chéo lựa chọn
-o INT Độ dài chồng chéo tối thiểu [giống như minSpan]

-h INT Chiều dài nhô ra tối đa [1000]. Phần nhô ra là một khu vực chưa được ánh xạ nên
được ánh xạ cho một chồng chéo thực sự hoặc ngăn chặn thực sự. Nếu phần nhô ra quá dài,
ánh xạ được coi là đối sánh nội bộ và sẽ bị bỏ qua.

-I PHAO NỔI Tỷ lệ tối thiểu của độ dài ánh xạ để ánh xạ + độ dài nhô ra cho một ánh xạ
được coi là một sự ngăn chặn hoặc một sự chồng chéo [0.8]. Tùy chọn này có vai trò tương tự như
-h, ngoại trừ việc nó kiểm soát tỷ lệ, không phải độ dài.

Đồ thị bố trí lựa chọn
-g INT Khoảng cách chênh lệch tối đa giữa hai lần đọc trong một ánh xạ [1000]. Tham số này là
chỉ được sử dụng để khử bắc cầu.

-d INT Khoảng cách thăm dò tối đa để tạo bong bóng [50000]. Bong bóng dài hơn INT
sẽ không được xuất hiện.

-e INT Một unitig được coi là nhỏ nếu nó bao gồm ít hơn INT đọc [4].
Miniasm có thể cố gắng loại bỏ các unitigs nhỏ ở các bước khác nhau.

-f FILE Đọc tệp trình tự ở định dạng FASTA hoặc FASTQ để tạo trình tự unitig
[vô giá trị]. Nếu tùy chọn này không có, miniasm tạo ra đầu ra GFA mà không có
trình tự.

-r FLOAT1, [FLOAT2]
Tỷ lệ giảm chồng chéo tối đa và tối thiểu [0.7,0.5]. Đặt chồng chéo (v-> w) là chồng chéo
độ dài của cạnh v-> w và maxovlp (v) = max_w {trùng lặp (v-> w)} là độ dài lớn nhất
chồng lên nhau. Các giọt thu nhỏ trùng lặp v-> w nếu chồng chéo (v-> w) / maxovlp (v) dưới a
ngưỡng được kiểm soát bởi tùy chọn này. Miniasm áp dụng nRounds vòng ngắn
loại bỏ chồng chéo với một ngưỡng ngày càng tăng giữa FLOAT1FLOAT2.

-n INT Vòng loại bỏ chồng chéo ngắn [3].

-F PHAO NỔI Ngưỡng tỷ lệ giảm trùng lặp sau khi loại bỏ unitig ngắn [0.8]

hỗn hợp lựa chọn
-b Cho biết rằng trong đầu vào, cùng một ánh xạ có khả năng được cung cấp hai lần

-1 Bỏ qua vòng đầu tiên của lựa chọn đọc trước khi lắp ráp

-2 Bỏ qua vòng thứ hai của lựa chọn đọc trước khi lắp ráp

-p STR Thông tin đầu ra và định dạng [ug]. Khả thi STR giá trị bao gồm - giường: bài đăng-
vùng đọc được lọc ở định dạng BED; PAF: ánh xạ giữa sau lọc
đọc; sg: đọc biểu đồ chồng chéo ở định dạng GFA; ug: biểu đồ unitig trong GFA
định dạng.

-V In số phiên bản ra stdout

ĐẦU VÀO FORMAT


Miniasm đọc các vị trí ánh xạ ở Định dạng mApping theo cặp (PAF), là một TAB-
định dạng văn bản được phân tách với mỗi dòng bao gồm ít nhất 12 trường như được mô tả trong
bảng sau:

┌────┬─────────┬───────────────────────────────────── ────────────────────────────┐
cổ áoKiểuMô tả
├────┼─────────┼───────────────────────────────────── ────────────────────────────┤
│ 1 │ chuỗi │ Tên chuỗi truy vấn │
│ 2 │ int │ Độ dài chuỗi truy vấn │
│ 3 │ int │ Tọa độ bắt đầu truy vấn (dựa trên 0) │
│ 4 │ int │ Tọa độ kết thúc truy vấn (dựa trên 0) │
│ 5 │ char │ `+ 'nếu truy vấn và mục tiêu trên cùng một chuỗi; `- 'nếu ngược lại │
│ 6 │ chuỗi │ Tên chuỗi mục tiêu │
│ 7 │ int │ Độ dài chuỗi mục tiêu │
│ 8 │ int │ Tọa độ bắt đầu đích trên sợi ban đầu │
│ 9 │ int │ Tọa độ cuối mục tiêu trên sợi ban đầu │
│ 10 │ int │ Số lượng các cơ sở phù hợp trong ánh xạ │
│ 11 │ int │ Cơ sở số, bao gồm cả khoảng trống, trong ánh xạ │
│ 12 │ int │ Chất lượng ánh xạ (0-255 thiếu 255) │
└────┴─────────┴───────────────────────────────────── ────────────────────────────┘

Xin vui lòng xem bản đồ nhỏ(1) để biết mô tả chi tiết của từng trường.

OUTPUT FORMAT


Miniasm xuất ra hợp ngữ ở định dạng Lắp ráp phân mảnh đồ họa (GFA). Nó là một
định dạng phân cách bằng TAB dựa trên dòng, với chữ cái đứng đầu cho biết loại dòng.
Bảng sau đây cung cấp các kiểu dòng được sử dụng bởi miniasm:

┌─────┬─────────────── ─────────────────────────┐
DòngBình luậnđã sửa các lĩnh vực
├─────┼─────────────── ─────────────────────────┤
│ H │ Header │ N / A │
│ S │ Segment │ segName segSeq │
│ L │ Chồng chéo │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Con đường vàng │ utg
└─────┴─────────────── ─────────────────────────┘

Sử dụng miniasm trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net


Ad


Ad