Tải xuống Grinder cho Linux

Đây là ứng dụng Linux có tên Grinder có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống là Grinder-0.5.4.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.

Máy gia

MÔ TẢ

Grinder là một công cụ định dạng sinh học mã nguồn mở linh hoạt để tạo các thư viện trình tự súng ngắn omic và amplicon mô phỏng cho tất cả các nền tảng giải trình tự chính.

Tính năng

• shotgun hoặc amplicon (ví dụ: 16S rRNA) đọc thư viện
• hỗ trợ omics để tạo bộ dữ liệu gen, transcriptomic, proteomic, metagenomic, metatranscriptomic hoặc metroteomic
• phân bố độ dài đọc tùy ý và số lần đọc
• mô phỏng PCR và các lỗi giải trình tự (chimeras, đột biến điểm, homopolyme)
• hỗ trợ cho các bộ dữ liệu đầu cuối (cặp đối tác) được ghép nối
• cài đặt mức độ phong phú xếp hạng cụ thể hoặc mức độ phong phú được cung cấp theo cách thủ công cho từng bộ gen, gen hoặc protein
• tạo tập dữ liệu với độ phong phú nhất định (đa dạng alpha)
• các bộ dữ liệu liên quan có thể chia sẻ một số lượng bộ gen khác nhau (đa dạng beta)
• mô hình hóa sai lệch được tạo ra bởi độ dài bộ gen khác nhau hoặc số lượng bản sao gen
• cơ chế hồ sơ để lưu trữ các tùy chọn ưu tiên
• có sẵn cho các nhà sinh học hoặc người dùng thành thạo thông qua nhiều giao diện: GUI, CLI và API

Khán giả

Nghiên cứu khoa học

Giao diện người dùng

Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối

Ngôn ngữ lập trình

Perl

Categories

Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ ​​một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.