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bash5tools - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 bash5tools

这是命令 bash5tools,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


bash5tools - 从 .bas.h5 文件中提取数据的工具

概要


bash5工具 [-h] [--verbose] [--version] [--profile] [--debug] [--outFilePrefix
OUTFILEPREFIX] [--readType {ccs,subreads,unrolled}] [--outType OUTTYPE] [--minLength
MINLENGTH] [--minReadScore MINREADSCORE] [--minPasses MINPASSES] input.bas.h5

配置


阵地 参数:
输入.bas.h5
输入 .bas.h5 文件名

可选 参数:
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

--详细, -v
设置详细级别(默认值:无)

- 版
显示程序的版本号并退出

- 轮廓
退出时打印运行时配置文件(默认值:False)

-调试
在调试器中捕获异常(需要 ipdb)(默认值:False)

--outFilePrefix 输出文件前缀
输出文件名前缀 [无]

--读取类型 {ccs,子阅读,展开}
读取类型(ccs、子读取或展开)[]

--输出类型 外形
输出文件类型(fasta,fastq)[fasta]

阅读 过滤 参数:
--最小长度 最小长度
最小读取长度 [0]

--minReadScore MINREADScore
最低阅读分数,仅适用于 --读取类型={展开,子阅读} [0]

--最少通过次数 普通通行证
最少 CCS 通过次数,仅适用于 --读取类型=CCS [0]

使用 onworks.net 服务在线使用 bash5tools


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