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bp_classify_hits_kingdom - 按分类界对 BLAST 命中进行分类

用法
bp_classify_hits_kingdom [-i tab_file] [-i secondary_BLAST_file] [-e evalue_cutoff]
[-t dir_where_TAXONOMY_files_are] [-g gi2taxid]
[-z PATH_TO_zcat] [-v]

商品描述
将打印出一组针对的命中的分类分布（在王国级别）
NR 数据库。 默认情况下，此脚本假设您对蛋白质进行了搜索
数据库（gi_taxid_nuc.dump 文件）。

这需要选项卡式 -m9 或 -m8 格式的 BLAST 文件。 使用 -m 8 输出或使用
要转换的blast2table.pl（如果使用FASTA，则为fastam9_to_table.PLS）。

输入值：
-t/--taxonomy 分类 .dmp 文件所在的目录（来自 NCBI）
-g/--gi gi2taxid 文件的文件路径（蛋白质的 gi_taxid_prot.dmp
或 gi_taxid_nucl.dmp（如果搜索是针对 nucleid 数据库）
-i/--in 要处理的制表符分隔的 -m8/-m9 输出文件的名称
-e/--evalue 为要考虑的命中提供 E 值截止值
-z/--zcat “zcat”可执行文件的路径，也可以是“gunzip -c”
如果您的系统上没有 zcat。
标志：
-v/--verbose 打开详细消息
-h/--help 显示此有用信息

这是有用的启动脚本，但用户可能想要自定义输出
和参数。 请注意，我在这里总结了王国和真核生物并没有下降
后生动物、绿色植物或真菌被分为真核生物总界
为了简单起见。 代码中有注释指导您可以进行更改的位置
例如，如果您想按门显示命中数。 请注意，您必须清除
进行这些更改后在您的目录中创建的缓存文件“gi2class”。

著者
贾森·斯塔吉奇 jason_at_bioperl_dot_org

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