bp_load_gffp - 云端在线

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bp_load_gff.pl - 从 GFF 文件加载 Bio::DB::GFF 数据库。

概要

% bp_load_gff.pl -d testdb -u 用户 -p pw
--dsn 'dbi:mysql:database=dmel_r5_1;host=myhost;port=myport'
dna1.fa dna2.fa 特征1.gff 特征2.gff ...

商品描述

此脚本加载 Bio::DB::GFF 数据库，其中包含 GFF 列表中包含的功能
文件和/或 FASTA 序列文件。 您必须使用中描述的 GFF 的确切变体
生物::DB::GFF。 各种命令行选项允许您控制要加载的数据库
以及是否允许覆盖现有数据库。

此脚本使用 Bio::DB::GFF 接口，因此适用于所有数据库适配器
该模块目前支持（MySQL、Oracle、PostgreSQL 很快）。 但是，它很慢。
要加快加载速度，请参阅 MySQL 特定的 bp_bulk_load_gff.pl 和 bp_fast_load_gff.pl
脚本。

附注
如果文件名指定为“-”，则输入取自标准输入。 压缩的
文件（.gz、.Z、.bz2）会自动解压缩。

FASTA 格式文件与 GFF 文件的区别在于它们的文件扩展名。 文件
以 .fa、.fasta、.fast、.seq、.dna 结尾及其大写变体被视为 FASTA
文件。 其他所有内容都被视为 GFF 文件。 如果您希望从以下位置加载 -fasta 文件
STDIN，然后使用带有“-”参数的 -f 命令行开关，如

gunzip my_data.fa.gz | bp_fast_load_gff.pl -d 测试 -f -

在第一次加载数据库时，您会看到许多“未知表”错误。 这是
正常。

关于 maxfeature：默认值为 100,000,000 个碱基。 如果你有以下特点
长度接近或大于 100Mb，则应增加 maxfeature 的值
到 1,000,000,000，或 10 的另一个幂。

命令行 配置

命令行选项可以缩写为单字母选项。 例如 -d 而不是
- 数据库。

--dsn 数据源（默认 dbi:mysql:test）
- 适配器模式适配器（默认 dbi::mysqlopt）
- 用户用于 mysql 身份验证的用户名
- 经过mysql 认证密码
--fasta 包含用于 DNA 的 fasta 文件的 Fasta 文件或目录
--create 强制创建和初始化数据库
--maxfeature 设置最大特征大小的值（默认 100 Mb；必须是 10 的幂）
--group 一个或多个标签名称的列表（逗号或空格分隔）
用于第 9 列中的分组。
--upgrade 将现有数据库升级到当前模式
--gff3_munge 激活 GFF3 名称修改（参见 Bio::DB::GFF）
--quiet 没有进度报告
--summary 生成绘制覆盖率直方图的汇总统计信息。
这可以在先前加载的数据库上运行或在
负载。

使用 onworks.net 服务在线使用 bp_load_gffp