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bp_mask_by_search - 基于对齐结果的掩码序列

概要

bp_mask_by_search.pl -f 爆炸基因组文件blastfile.bls > maskedgenome.fa

商品描述

基于另一个序列的重要比对的掩码序列。 你需要提供
报告文件和要屏蔽的整个序列数据。 默认情况下，这将
假设您已经完成了 TBLASTN（或 TFASTY）并尝试屏蔽命中序列假设
您已经为命中数据库提供了序列文件。 如果你想做
反转和屏蔽查询序列指定 -t/--type 查询标志。

这会将整个序列文件读入内存，因此对于大型基因组，这可能
翻倒。 我正在使用 DB_File 来防止将所有内容保留在内存中，一种解决方案是
将基因组分成几部分（在运行 DB 搜索之前，您想使用
BLASTed 的确切文件作为该程序的输入）。

双破折号 (--) 选项下方的格式为 --format=fasta 或 --format fasta 或您
只能说 -f fasta

通过 -f/--format 我的意思是两者都是可接受的选项。 =s 或 =n 或 =c 指定这些
参数期望一个“字符串”

选项：
-f/--format=s 搜索报告格式（fasta、blast、axt、hmmer 等）
-sf/--sformat=s 序列格式 (fasta,genbank,embl,swissprot)
--hardmask (boolean) 硬掩码序列
与 maskchar [默认是小写掩码]
--maskchar=c 要屏蔽的字符 [默认为 N]，更改
到“X”表示蛋白质序列
-e/--evalue=n 仅针对 HSP 和 Hits 的 Evalue 截止值
如果比对具有指定的值，则掩码序列
或更好
-o/--输出/
--outfile=file 将屏蔽序列保存到的输出文件。
-t/--type=s 要屏蔽的对齐序列类型，
'hit' 或 'query' 序列。 [默认为'命中']
--minlen=n 要使用的 HSP 的最小长度
在掩码中 [默认 0]
-h/--help 查看此帮助信息

著者 - 杰森 斯塔吉奇

Jason Stajich，jason-at-bioperl-dot-org。

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