这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 dawg，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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dawg - 带间隙的 DNA 组装，DNA 序列模拟器
商品描述
dawg 1.2-release DNA Assembly With Gaps 版权所有 © 2004-2009 Reed A. Cartwright
w -[scubvhqew?] [-o 输出文件] 文件 1 [文件 2...]
-s: 串行处理文件 [默认]
-c: 处理文件组合在一起
-u: 无缓冲输出
-b: 缓冲输出 [默认]
-q: 禁用错误和警告报告（安静）
-e: 启用错误报告 [默认]
-w: 启用警告报告 [默认]
-v: 显示版本信息
-h: 显示帮助信息
-？： 与...一样 -h
-o outputfile：覆盖配置文件中的输出文件名
如果文件名是“-”，Dawg 将读取标准输入。
文件格式
文件格式采用“name = value”形式的一系列语句，其中
“名称”是字母数字，值可以是字符串、数字、布尔值、树或向量
值。 单个变量等效于单个条目的向量。
字符串：“[字符序列]”
'[char-sequence]' """[multi-line char-sequence]""" (rm 初始和最终换行符)
'''[多行字符序列]'''（kp 首尾换行）
数字：[sign]digits[.digits][(e|E)[sign]digits] 布尔值：true|false 树：Newick
格式向量：{值，值，...}
配置
名称 类型 说明
---------------------------------
树VT系统发育
树规模
N 系数缩放分支长度
序列
VS 根序列
Length VN 生成的根序列的长度
速率 VVN 每个根核苷酸的进化速率
Model S进化模型：GTR|JC|K2P|K3P|HKY|F81|F84|TN
Freqs VN 核苷酸 (ACGT) 频率
进化模型的Params VN参数
Width N 插入和重组的块宽度
标尺 VN 块位置标尺
速率异质性的 Gamma VN 方差系数
Alpha VN 形状参数
不变位点的 Iota VN 比例
间隙模型
indel形成的VS模型：NB|PL|US
插入缺失形成的 Lambda VN 率
间隙参数
indel 模型的 VVN 参数
代表 N 个要输出的数据集
文件 S 输出文件
Format S 输出格式：Fasta|Nexus|Phylip|Clustal
间隙单字符
B 输出间隙为单个字符
差距加
B 在比对中区分插入和删除
保持侧翼
N 个不可删除的侧翼区域 N 个来自序列的 nucs
留空
B 在最终对齐中保留空列
小写
B 小写输出序列
翻译
B 将输出的序列翻译成氨基酸
种子 VN 伪随机数生成器种子（整数）
出块头
要在输出开头插入的 S 字符串
出块尾
S 字符串插入到输出的末尾
出.块.在S之前
在输出中设置的序列之前插入的字符串
出块后
要在输出中设置的序列之后插入的 S 字符串
外替换
B 在 Out.Block.* 中做变量替换
使用 onworks.net 服务在线使用 dawg
