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dialign2-2 - 使用段到段方法的多重对齐程序

概要

对齐2-2 [选项] [seq_file]

序列文件 是输入序列文件的名称； 这必须是多个 FASTA 文件（所有
序列在一个文件中）。

商品描述

对齐2-2 是一个从类似片段的无间隙对构建比对的程序
的序列。 如果（可能）编码核酸序列要比对，DIALIGN
可选地将比较的“核酸片段”翻译成“肽片段”，根据
到遗传密码——不预先假定三个可能的阅读框架中的任何一个，所以
检查所有阅读框架组合是否具有显着相似性。

默认情况下，DIALIGN 创建一个包含

· DIALIGN 格式的输入序列的比对。

· FASTA 格式的相同对齐方式。

· PHYLIP 格式的序列树。 这棵树是通过应用 UPGMA 构建的
DIALIGN 相似度得分的聚类方法。 它大致反映了不同
序列之间的相似度。 对于详细的系统发育分析，我们
推荐系统发育重建的常用方法。

输出文件的格式记录在 /usr/share/doc/dialign/USER_GUIDE.gz。 该
可选择 FASTA、CLUSTALW 和 MSF 输出格式（请参阅选项）。

配置

- 亚足联
创建额外的输出文件“*.afc”，其中包含考虑的所有片段的数据
结盟。 警告：这个文件可能很大！

-afc_v
喜欢 ”- 亚足联" 但冗长：片段被显式打印。警告：这个文件可以是
更大！

-ANC
锚定对齐。 需要一个文件 序列文件.anc 包含锚点。

-CS
如果片段被翻译，不仅是“沃森链”，还有“克里克链”
被看着。

-CW
CLUSTAL W 格式的附加输出文件。

-ds
“DNA 对齐加速”。 考虑到非翻译的核酸片段
仅当它们以至少两场比赛开始时。 以牺牲为代价加快 DNA 对齐
的敏感性。

-F A
FASTA 格式的附加输出文件。

-ff
创建文件 *.frg 包含有关属于该部分的所有片段的信息
各自的最优成对对齐网络加上关于一致性的信息
多重对齐。

-fn 输出文件
输出文件被命名 输出文件.extension.

-fop
创建文件 *.fop 包含所有片段的坐标
各自的成对比对。

-fsm
创建文件 *.fsm 包含作为最终部分的所有片段的坐标
对准

-iw
重叠权重关闭（默认情况下，如果重叠权重达到 35
序列对齐）。 此选项可加快对齐速度，但可能会导致减少
对齐质量。

-lgs
“长基因组序列” - 结合了以下选项： -嘛, -thr 2, -l最大 30,
-最小值 8, -nta, -ff, -fop, -ff, -CS, -ds, -太平洋标准时间.

-lgs_t
喜欢 ”-lgs" 但在肽水平评估所有片段对（而不是
“混合对齐”与“-lgs”选项一样）。 因此比 -lgs 快但不是很快
对非编码区敏感。

-l最大 x
最大片段长度 = x （默认： x = 40或 x = 120 对于“翻译的”片段）。
短 x 加速程序，但可能会影响对齐质量。

它
（长输出）附加文件 *。日志 与信息相邻的片段选择用于
成对对齐和关于多对齐过程中的一致性。

-嘛
“混合比对”由 P 片段和 N 片段组成，如果核酸序列
对齐。

-面具
不属于所选片段的残基在输出中被替换为“*”字符
对齐（而不是用小写字符打印）

-垫
创建文件 *垫 具有来自已被替换的片段的替换计数
选择对齐。

-mat_thr t
像“-mat”，但只有具有权重分数的片段 > t 被考虑。

-最大链接
“最大链接”聚类用于构建序列树（而不是 UPGMA）。

-最小链接
使用“最小链接”聚类。

-莫特
“主题”选项。

-MSF
MSF 格式的单独输出文件。

-n
输入序列是核酸序列。 没有片段的翻译。

-nt
输入序列是核酸序列，翻译“核酸片段”
到“肽段”。

-nta
“无文本对齐”。 文本对齐被抑制。 如果其他
输出文件是感兴趣的——例如创建的片段文件 -ff, -fop, -fsm or
它.

-o
快速版本，产生的对齐方式可能略有不同。

-流
强制重叠权重（默认情况下，重叠权重仅在达到 35
序列对齐，因为计算重叠权重很耗时）。 警告：
重叠权重通常会提高对齐质量，但运行时间会增加
顺序 O(n^4) 与序列数。 这就是默认情况下重叠的原因
权重仅用于<36 个序列的序列集。

-太平洋标准时间
“打印状态”。 创建和更新文件 *.sta 与有关当前的信息
程序运行的状态。 如果对齐大数据集，建议使用此选项
因为它允许用户估计剩余的运行时间。

-最小值 x
片段中第一个残基对（或密码子对）的最小相似度值。 速度
上蛋白质比对或翻译的 DNA 片段比对，代价是
灵敏度。

星 x
表示局部相似程度的“*”字符的最大数量
序列。 默认情况下，不使用星号，而是使用 0 到 9 之间的数字。

-stdo
结果写入标准输出。

- 那
标准文本对齐打印（覆盖文本对齐的抑制
特殊选项，例如 -lgs）。

-thr x
阈值 T = x。

-xfr
“排除片段”。 可以指定不考虑的片段列表
成对对齐。

一般备注：如果使用了相互矛盾的选项，则后续选项会覆盖之前的选项
那些，例如： dialign2-2 -nt -n 序列文件 使用“-n”选项运行程序（没有
翻译！），而 dialign2-2 -n -nt 序列文件 使用“-nt”选项运行它
（翻译！）。

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