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基因组音乐突变关系 - 识别突变并发或相互的关系
基因在不同情况下的排他性。

VERSION

本文档描述了基因组音乐突变关系版本 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

概要

基因组音乐突变关系 --bam-list=? --maf-文件=？ --输出文件=？
[--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?] [--gene-list=?] [--skip-non-coding]
[--跳过-沉默]

...音乐突变关系\
--maf 文件 /path/myMAF.tsv \
--排列 1000 \
--输出文件/path/mutation_relation.csv

所需 争论

清单 文本
BAM 文件的制表符分隔列表 [sample_name, normal_bam,tumor_bam]（见描述）

maf 文件 文本
MAF 格式的突变列表

输出文件 文本
突变关系工具的结果

不是必须的 争论

突变矩阵文件 文本
可以选择存储在计算过程中使用的样本与基因矩阵。

排列 联系电话
用于确定 P 值的排列数

如果未指定，则为默认值 '100'

基因列表 文本
要测试的基因列表，通常是 SMG。 如果未指定，则测试 MAF 中的所有基因。

跳过非编码 布尔
从提供的 MAF 文件中跳过非编码突变

如果未指定，则默认值 'true'

noskip 非编码 布尔
使跳过非编码为“假”

跳过静音 布尔
从提供的 MAF 文件中跳过无声突变

如果未指定，则默认值 'true'

noskip-静音 布尔
使跳过静音“假”

商品描述

该模块解析 MAF 格式的突变列表并尝试确定
突变基因之间的关系。 它采用相关性测试来查看是否有任何
两个基因同时突变（正相关）或相互排斥
（负相关关系）。 由于突变数量可能有很大差异
存在于不同的基因中，使用受限排列计算 P 值
考虑样本中突变计数的分布。 在输出中
文件中，'pand' 是并发突变事件的 P 值，'pexc' 是
互斥的突变事件。

争论

--bam 列表
提供一个包含每个样本名称和正常/肿瘤 BAM 位置的文件。 用
每行的制表符分隔格式 [sample_name normal_bamtumor_bam]。 仅此工具
需要 sample_name，因此可以跳过所有其他列。 sample_name 必须是
与 MAF 文件中使用的肿瘤样本名称相同（第 16 列，标题为
Tumor_Sample_Barcode）。

作者

Nathan D. Dees 博士
张群元，博士

使用 onworks.net 服务在线使用基因组音乐突变关系