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gmx-enemat - 从能量文件中提取能量矩阵

概要

gmx 灌肠剂 [-f [<.edr>][-组 [<.dat>][-eref [<.dat>]]
[- 埃马特 [<.xpm>][-埃托 [<.xvg>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-xvg [-[无]总和]
[-跳过 [-[不]意思[-n级别 [-最大限度 ]
[-分钟 [-[不] 可以[-[没有]库尔[-[不]could14]
[-[没有]ljsr[-[不]ljlr[-[没有]lj14[-[不]bhamsr]
[-[不]bhamlr[-[收费[温度 ]

商品描述

GMX 灌肠剂 从能量文件中提取一个能量矩阵（-f）。 同 -组 一个文件必须
在每行上提供一组要使用的原子。 对于这些组矩阵
将通过寻找能量组从能量文件中提取相互作用能量
具有与原子组对相对应的名称，例如，如果您的 -组 文件包含：

2
蛋白质
SOL

然后预期名称为“Coul-SR:Protein-SOL”和“LJ:Protein-SOL”的能量群
在能量文件中（虽然 GMX 灌肠剂 如果分析许多组，则最有用
同时）。 不同能量类型的矩阵分别写出，如
由...控制 -[不]可以, -[不]库尔, -[不]could14, -[不]lj, -[没有]lj14, -[不]巴姆 和
-[收费 选项。 最后，每组的总相互作用能能量可以是
计算（-埃托).

可以使用以下公式计算自由能的近似值： E_free = E_0 + kT
日志（ )，其中“<>”代表时间平均。 一个免费参考的文件
可以提供能量来计算一些参考的自由能差
状态。 参考文件中的组名（例如残基名称）应对应于
中使用的组名 -组 文件，但在
此 -组 在比较中将被忽略。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.edr>] (能源.edr) （可选）
能源档案

-组 [<.dat>] （组.dat）
通用数据文件

-eref [<.dat>] （eref.dat） （可选）
通用数据文件

指定输出文件的选项：

- 埃马特 [<.xpm>] （emat.xpm）
X PixMap 兼容矩阵文件

-埃托 [<.xvg>] （能源.xvg）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-[无]总和 （否）
对选定的能量项求和而不是全部显示

-跳过 (0)
跳过数据点之间的帧数

-[不]意思 （是）
-组 为每个时间步提取平均能量矩阵而不是矩阵

-n级别 (20)
矩阵颜色的级别数

-最大限度 (1e+20)
能量最大值

-分钟 (-1e+20)
能量最小值

-[不] 可以 （是）
提取库仑 SR 能量

-[没有]库尔 （否）
提取库仑 LR 能量

-[不]could14 （否）
提取库仑 1-4 能量

-[没有]ljsr （是）
提取 Lennard-Jones SR 能量

-[不]ljlr （否）
提取 Lennard-Jones LR 能量

-[没有]lj14 （否）
提取 Lennard-Jones 1-4 能量

-[不]bhamsr （否）
提取白金汉 SR 能量

-[不]bhamlr （否）
提取白金汉LR能量

-[收费 （是）
计算自由能

温度 (300)
自由能计算的参考温度

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