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gustaf - Gustaf - 通用多重拆分对齐查找器：拆分读取映射工具
允许多次拆分。

概要

古斯塔夫 [选项]

商品描述

GUSTAF 使用 SeqAns STELLAR 查找分裂作为不同链上的本地匹配或
染色体。 可以指定链接这些匹配项的标准和惩罚。 输出
文件包含沿最佳链的断点。

基因组文件用作数据库输入，读取文件用作查询输入。

支持所有 STELLAR 选项。 有关 STELLAR 参数，请参阅 STELLAR 文档
和选项。

(c) 2011-2012 由 Kathrin Trappe 撰写

-h, - 帮帮我

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- 版

显示版本信息

古斯塔夫选项：

主要选项：

-tp, --transPen INT

染色体间易位惩罚 默认值：5。

-ip, --invPen INT

反转惩罚 默认值：5。

-操作, --订单笔 INT

染色体内顺序改变惩罚 默认值：0。

-oth, --重叠阈值 双盒套装

匹配之间允许的重叠默认值：0.5。

-gth, --间隙阈值 INT

匹配之间允许的间隙长度默认值：10。

-i, --initGapThresh INT

读取开始和结束时允许的初始或结束间隙长度默认值：15。

-st, - 支持 INT

支持读取的数量默认值：2。

输入选项：

-m, --匹配文件 文件

（恒星）匹配的文件有效的文件类型是：gff 和 GFF。

输出选项：

-业务流程外包, --断点输出 文件

断点输出文件的名称。 有效的文件类型是：gff 和 txt。 默认：
断点.gff。

-j, --作业名称 STR

作业/队列名称默认值：.

-做, --点

以点格式启用图形输出

恒星选项：

主要选项：

-e, --ε 民

最大错误率（最大 0.25）。 在 [0.0000001..0.25] 范围内。 默认值：0.05。

-l, --最小长度 民

epsilon 匹配的最小长度。 在 [0..inf] 范围内。 默认值：100。

-f, - 向前

仅在数据库的前向链中搜索。

-r, - 逆转

仅在数据库的反向补码中搜索。

-a, - 字母 STR

输入序列的字母类型（dna、rna、dna5、rna5、蛋白质、字符）。 脱氧核糖核酸之一，
dna5、rna、rna5、蛋白质和炭。

-v, --详细

设置详细模式。

过滤选项：

-k, --克默 民

q-gram 的长度（最多 32 个）。 在 [1..32] 范围内。

-rp, --重复周期 民

重复过滤的低复杂度的最大周期。 默认值：1。

-rl, --重复长度 民

要过滤的低复杂性重复的最小长度。 默认值：1000。

-c, --abundanceCut 民

k-mer 过剩削减率。 在 [0..1] 范围内。 默认值：1。

验证选项：

-x, --xDrop 民

扩展的最大 x-drop。 默认值：5。

-vs, - 确认 STR

验证策略：exact 或 bestLocal 或 bandedGlobal 精确、bestLocal、
和bandedGlobal。 默认值：精确。

-dt, --禁用阈值 民

禁用一个查询的验证之前已验证匹配的最大数量
序列（默认无穷大）。 在 [0..inf] 范围内。

-n, --numMatches 民

每个查询和数据库的最大保留匹配数。 如果 STELLAR 发现更多
匹配，只保留最长的。 默认值：50。

-s, --排序阈值 民

触发删除重复项的匹配数。 选择一个较小的值
节省空间。 默认值：500。

VERSION

gustaf 版本：1.0 最后更新 2012 年 XNUMX 月

使用 onworks.net 服务在线使用 gustaf