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Infernal - 使用 RNA 序列和二级结构图谱的序列分析
共识

概要

厘米对齐
将序列与协方差模型对齐

构建
从结构注释的 RNA 多序列构建协方差模型
对齐方式

校准
为协方差模型 E 值确定拟合指数尾部

厘米转换
转换 Infernal 协方差模型文件

发送
来自协方差模型的样本序列

获取
从文件中检索协方差模型

压缩包
为 cmscan 准备协方差模型数据库

厘米扫描
针对协方差模型数据库的搜索序列

厘米搜索
针对序列数据库搜索协方差模型

统计数据
协方差模型文件的汇总统计量

商品描述

Infernal 是一套用于结构 RNA 序列比对和数据库的程序
同源搜索。 它使用称为“协方差模型”（CM）的概率模型来
代表多重比对（或单一序列）的可能进化同源物
结构RNA序列家族。

连同 RNA 家族和相关 CM 的 Rfam 数据库
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal 可用于注释已知结构的同源物
基因组中的 RNA 家族。

Infernal 与 HMMER 软件套件密切相关，用于使用
配置文件 HMM（http://hmmer.org)，但专为结构 RNA 序列而设计
家庭。 除了像轮廓 HMM 那样对家族的保守序列进行建模之外，
CM 将家族保守的、嵌套良好的（非假结）二级结构建模为
好。 因此，CM 搜索和对齐方法相对计算量大
昂贵的。 Infernal 使用配置文件 HMM 作为过滤器和派生约束，使
CM方法更实用。

Infernal 用于三种主要模式： 在序列数据库中搜索一个序列的新同源物
RNA 家族（或注释基因组中的同源物）； 搜索 CM 数据库（如 Rfam）以查找
查询序列属于哪个已知家族； 并自动构建大
使用 CM 的多重比对（即具有有效无限数量的序列）
序列家族的代表。

假设您有一个 RNA 序列的结构注释多序列比对
感兴趣的家族，并且您想在序列数据库中搜索其他同源物。
构建 程序从多个对齐构建协方差模型和 校准
确定用于估计数据库统计显着性的重要参数
在后续搜索中命中模型。

厘米搜索 程序在序列数据库中搜索 CM。

假设您有要使用基于 Infernal 的 CM 数据库进行分析的序列
像 Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk）。 该 压缩包 程序格式化协方差模型
（例如您将从 Rfam 下载的文件）到 Infernal 二进制数据库中。 这
厘米扫描 程序针对该数据库搜索序列。

假设您要对齐大量序列。 您可以构建一个易于管理的小型
一组代表性序列的结构比对，构建一个 CM 厘米构建， 和
使用 厘米对齐 将任意数量的序列与该 CM 对齐的程序。

Infernal 还包括一些用于处理大型 CM 数据库的辅助工具。 获取
从数据库中获取一个或多个 CM。 统计数据 打印有关 CM 的摘要统计信息
文件中。

为了与之前版本的 Infernal 以及 HMMER 兼容， 厘米转换
程序将 CM 文件转换为其他几种格式。

发送 程序通过从 CM 采样生成（模拟）“同源”序列。 它
还可以生成“共识”序列。

每个程序都有自己的手册页。

使用 onworks.net 服务在线使用 infernal