这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 insegt，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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insegt - 与注释相交的第二代测序数据
概要
插入 [选项]
商品描述
INSEGT 是一种分析 RNA-Seq 读数（单端或双端）比对的工具
通过使用基因注释。
INSEGT 的输入是一个包含比对的 SAM 文件和一个包含
GFF 或 GTF 格式的参考基因组注释。
-h, - 帮帮我
显示此帮助消息。
- 版
显示版本信息
选项： ：
-ro, --读取输出 文件
读取输出的输出文件名，其中包含映射的注释，后跟
他们的父注释。 有效的文件类型是：gff。
-至, --anno-输出 文件
anno-output 的输出文件名，其中包含类似于 GFF 的注释
输入以及映射读取的计数和标准化表达
RPKM 中的级别。 有效的文件类型是：gff。
-至, --元组输出 文件
元组输出的输出文件名，其中包含通过读取或连接的外显子元组
配对。 有效的文件类型是：gff。
-fo, --融合输出 STR
融合输出的输出文件名，其中包含基因融合的外显子元组
（高级选项，目前没有 KNIME 的输出端口）。 一个gff。
-n, --元组 INT
元组默认值：2。
-o, --偏移间隔 INT
偏移到用于搜索的短对齐间隔。 默认值：5。
-t, --阈值差距 INT
对齐中允许的间隙（不是内含子）的阈值。 默认值：5。
-c, --阈值计数 INT
最小阈值。 输出元组的计数。 默认值：1。
-r, --阈值-rpkm 双盒套装
最小阈值。 用于输出的元组的 RPKM。 默认值：0.0。
-m, --max-元组
仅创建 maxTuple（由整个读取跨越）。
-e, --精确元组
只创建长度为 n 的元组。 默认情况下所有元组达到给定长度
被计算（如果 -m 设置， -e 将被忽略）。
-u, --未知方向
读取方向未知。
示例
插入
示例/alignments.sam 示例/annotations.gff
使用默认参数对示例文件运行 INSEGT。
插入 -m 示例/alignments.sam 示例/annotations.gff
在示例文件上运行 INSEGT 并且只计算 maxTuple。
插入 -c 2 示例/alignments.sam 示例/annotations.gff
在示例文件上运行 INSEGT 并且只输出带有 min 的元组。 计数为 2。
VERSION
插入版本：1.0 最后更新 2012-09-11
使用 onworks.net 服务在线使用 inseg
