这是 lastdb 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
lastdb - 生物序列的基因组规模比较
概要
最新数据库 [选项] 输出名称 fasta 序列文件
商品描述
为后续与 lastal 对齐准备序列。
配置
主要 可选项
-h, - 帮帮我
显示所有选项及其默认设置,然后退出
-p 将序列解释为蛋白质
-R 重复标记选项(默认值 = 10)
-c 软掩码小写字母
先进的 可选项 (默认 设置)
-Q 输入格式:0=fasta, 1=fastq-sanger, 2=fastq-solexa, 3=fastq-illumina (0)
-s 卷大小(无限制)
-m 种子模式(非 DNA:1)
-u 播种方案(DNA:YASS)
-w 索引步骤 (1)
-a 用户自定义字母表
-i 每个查询位置的初始匹配的最小限制 (0)
-b 铲斗深度
-C 子表类型:0=none,1=byte-size,2=short-size,3=full (0)
-x 只计算序列和字母
-v 冗长:写关于 lastdb 正在做什么的消息
-V, - 版
显示版本信息,退出
REPORTING BUGS
将错误报告给: [电子邮件保护]
最后一个主页: http://last.cbrc.jp/
使用 onworks.net 服务在线使用 lastdb