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libscan - 蛋白质家族的诊断搜索。

概要

库扫描 -模式 名单 -握把 布尔 -海尼克 布尔 -唔 布尔 -山姆 布尔 -pssm 布尔
-信号 布尔 -hmm路径 绳子 -hmmextn 绳子 -hmmout路径 绳子 -hmmouttextn 绳子
-sampath 绳子 -相同的分机 绳子 -soutpath 绳子 -samouttextn 绳子
-pssm路径 绳子 -pssmextn 绳子 -硝 整数 - 阈值 浮动 -最大命中 整数
-pssmout路径 绳子 -pssmouttextn 绳子 -gbv路径 绳子 -gbveextn 绳子
-gbv加坡 浮动 -gbv目瞪口呆 浮动 -gbv输出路径 绳子 -gbvtextn 绳子
-hnf路径 绳子 -hnfextn 绳子 -hnfgapo 浮动 -hnfgape 浮动 -hnfoutpath 绳子
-hnfouttextn 绳子 -信号路径 绳子 -sigextn 绳子 -学期 名单 -子 矩阵f
-西加波 浮动 -笑声 浮动 -sigout路径 绳子 -sigouttextn 绳子 -D b 序列集
-scopf 入档

库扫描 -救命

商品描述

库扫描 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“蛋白质：3D 结构”命令组的一部分。

配置

-模式 名单
libscan 以两种模式之一运行 (i) 数据库搜索模式或 (ii) 库
屏幕模式。 在数据库搜索模式下，libscan 每个读取一个或多个目录
包含单一类型的鉴别元素，允许的类型是稀疏的
序列签名、Gribskov 轮廓、Henikoff 轮廓或隐马尔可夫模型。 在
库筛选模式，libscan 读取序列集，根据
库（区分元素的目录）并写入库扫描文件（的
得分最高的家庭）。 默认值：2

-握把 布尔
默认值：N

-海尼克 布尔
默认值：N

-唔 布尔
默认值：N

-山姆 布尔
默认值：N

-pssm 布尔
默认值：是

-信号 布尔
默认值：N

-hmm路径 绳子
默认值： 。/库/

-hmmextn 绳子
默认值：.hmm

-hmmout路径 绳子
默认值： 。/

-hmmouttextn 绳子
默认值：.hmmout

-sampath 绳子
默认值： 。/

-相同的分机 绳子
默认值：.mod

-soutpath 绳子
默认值： 。/

-samouttextn 绳子
默认值：.samout

-pssm路径 绳子
默认值：/data/structure/lib/pssm/

-pssmextn 绳子
默认值：.chk

-硝 整数
默认值：1

- 阈值 浮动
默认值：100

-最大命中 整数
默认值：1000

-pssmout路径 绳子
默认值： 。/

-pssmouttextn 绳子
默认值：.pssmout

-gbv路径 绳子
默认值： 。/

-gbveextn 绳子
默认值：.grib

-gbv加坡 浮动
默认值：10.0

-gbv目瞪口呆 浮动
默认值：0.5

-gbv输出路径 绳子
默认值： 。/

-gbvtextn 绳子
默认值：.gribout

-hnf路径 绳子
默认值： 。/

-hnfextn 绳子
默认值：.henik

-hnfgapo 浮动
默认值：10.0

-hnfgape 浮动
默认值：0.5

-hnfoutpath 绳子
默认值： 。/

-hnfouttextn 绳子
默认值：.henikout

-信号路径 绳子
默认值： 。/

-sigextn 绳子
默认值：.sig

-学期 名单
默认值：1

-子 矩阵f
默认值：EBLOSUM62

-西加波 浮动
默认值：10.0

-笑声 浮动
默认值：0.5

-sigout路径 绳子
默认值： 。/

-sigouttextn 绳子
默认值：.sigout

-D b 序列集
在数据库搜索模式下，libscan 根据序列扫描每个区分元素
放。 在库筛选模式下，libscan 读取序列集并筛选每个序列
针对库（区分元素的目录）默认值：49142.vdhf

-scopf 入档
在任一模式下，都需要“范围分类文件”作为族源
分类数据。 scop 分类文件包含分类和其他数据
对于来自 sco 数据库的域。 该文件是类似 embl 的格式并生成
通过 scopparse。 可以使用 scopseqs 将域序列信息添加到文件中。
默认值：/data/structure/dcf/scop_raw.dcf

使用 onworks.net 服务在线使用 libscane