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mafft - 氨基酸或核苷酸序列的多重比对程序

概要

马夫特 [选项] 输入 [> 产量]

林西 输入 [> 产量]

人参 输入 [> 产量]

恩西 输入 [> 产量]

法特尼西 输入 [> 产量]

芬顿斯 输入 [> 产量]

网络 输入 [> 产量]

新西 输入 [> 产量]

maft-profile group1 group2 [> 产量]

输入, group1 和 group2 必须是 FASTA 格式。

商品描述

马夫特 是一个用于类 Unix 操作系统的多序列比对程序。 它提供
一系列多种对齐方法。

精准导向 方法：
· L-INS-i（可能是最准确的；推荐用于<200个序列；迭代细化
结合局部成对比对信息的方法）：

马夫特 --本地对 --最大化 1000 输入 [> 产量]

林西 输入 [> 产量]

· G-INS-i（适用于相似长度的序列；推荐用于<200个序列；
包含全局成对对齐信息的迭代细化方法）：

马夫特 --全局对 --最大化 1000 输入 [> 产量]

人参 输入 [> 产量]

· E-INS-i（适用于包含大的不可比对区域的序列；推荐用于
<200 个序列）：

马夫特 --ep 0 --genafpair --最大化 1000 输入 [> 产量]

恩西 输入 [> 产量]

对于 E-INS-i， --ep 0 建议选择允许较大的间隙。

速度导向 方法：
· FFT-NS-i（迭代细化方法；仅两个循环）：

马夫特 --重新树 2 --最大化 2 输入 [> 产量]

法特尼西 输入 [> 产量]

· FFT-NS-i（迭代细化方法；最多 1000 次迭代）：

马夫特 --重新树 2 --最大化 1000 输入 [> 产量]

· FFT-NS-2（快速；渐进法）：

马夫特 --重新树 2 --最大化 0 输入 [> 产量]

芬顿斯 输入 [> 产量]

· FFT-NS-1（非常快；推荐用于 >2000 个序列；渐进方法
引导树）：

马夫特 --重新树 1 --最大化 0 输入 [> 产量]

· NW-NS-i（没有FFT近似的迭代细化方法；只有两个周期）：

马夫特 --重新树 2 --最大化 2 --诺夫特 输入 [> 产量]

新西 输入 [> 产量]

· NW-NS-2（快速；没有FFT近似的渐进方法）：

马夫特 --重新树 2 --最大化 0 --诺夫特 输入 [> 产量]

网络 输入 [> 产量]

· NW-NS-PartTree-1（推荐用于 ~10,000 到 ~50,000 个序列；渐进方法
使用 PartTree 算法）：

马夫特 --重新树 1 --最大化 0 --诺夫特 --parttree 输入 [> 产量]

组对组 比对

maft-profile group1 group2 [> 产量]

要么：

马夫特 --最大化 1000 - 种子 group1 - 种子 group2 /dev/null [> 产量]

配置

算法
- 汽车
自动从 L-INS-i、FFT-NS-i 和 FFT-NS-2 中选择合适的策略，
根据数据大小。 默认值：关闭（始终为 FFT-NS-2）

--6merpair
距离是根据共享 6mer 的数量计算的。 默认值：开

--全局对
所有成对比对均使用 Needleman-Wunsch 算法计算。 更多的
准确但比 --6merpair 慢。 适用于一组全局可对齐
序列。 适用于多达 ~200 个序列。 与 --maxiterate 1000 的组合
推荐 (G-INS-i)。 默认值：关闭（使用 6mer 距离）

--本地对
所有成对比对均使用 Smith-Waterman 算法计算。 更准确
但比 --6merpair 慢。 适用于一组局部可比对序列。
适用于多达 ~200 个序列。 与 --maxiterate 1000 的组合是
推荐 (L-INS-i)。 默认值：关闭（使用 6mer 距离）

--genafpair
所有成对比对均使用具有广义的局部算法计算
仿射间隙成本（Altschul 1998）。 比--6merpair 更准确但速度更慢。 合适的
当预计会有较大的内部差距时。 适用于多达 ~200 个序列。 一种
建议与 --maxiterate 1000 结合使用 (E-INS-i)。 默认值：关闭（6mer
使用距离）

--fastapair
所有成对比对均使用 FASTA 计算（Pearson 和 Lipman 1988）。 FASTA 是
必需的。 默认值：关闭（使用 6mer 距离）

--权重 数
从成对比对计算的一致性项的加权因子。 有效的
当 --globalpair、--localpair、--genafpair、--fastapair 或 --blastpair 之一是
被选中。 默认值：2.7

--重新树 数
引导树构建完成 数 时代在进步阶段。 对 6mer 距离有效。
默认值：2

--最大化 数
数 执行迭代细化循环。 默认值：0

--快速傅立叶变换
在组对组对齐中使用 FFT 近似。 默认值：开

--诺夫特
不要在组对组对齐中使用 FFT 近似。 默认值：关闭

--noscore
在迭代细化阶段不检查对齐分数。 默认值：关闭（得分
被检查）

--内存保存
使用 Myers-Miller (1988) 算法。 默认：自动开启时
对齐长度超过 10,000 (aa/nt)。

--parttree
使用具有 2007me​​r 距离的快速树构建方法（PartTree、Katoh 和 Toh 6）。
建议输入大量 (> ~10,000) 序列。 默认值：关闭

--dpparttree
PartTree 算法用于基于 DP 的距离。 稍微更准确和
比 --parttree 慢。 推荐用于大量 (> ~10,000) 序列
输入。 默认值：关闭

--fastaparttree
PartTree 算法用于基于 FASTA 的距离。 准确一点
并且比 --parttree 慢。 推荐用于大量 (> ~10,000) 序列
是输入。 需要 FASTA。 默认值：关闭

--零件尺寸 数
PartTree 算法中的分区数。 默认值：50

--组大小 数
不要使对齐大于 数 序列。 仅对 --*parttree 有效
选项。 默认值：输入序列的数量

产品型号
--操作 数
组对组对齐时的间隙开放惩罚。 默认值：1.53

--ep 数
偏移值，其作用类似于间隙扩展惩罚，用于组对组对齐。
默认值：0.123

--洛普 数
局部成对比对中的间隙开放惩罚。 当 --localpair 或
--genafpair 选项被选中。 默认值：-2.00

--lep 数
局部成对对齐的偏移值。 当 --localpair 或 --genafpair 时有效
选项被选中。 默认值：0.1

--lexp 数
局部成对对齐的间隙扩展惩罚。 当 --localpair 或
--genafpair 选项被选中。 默认值：-0.1

--LOP 数
间隙打开惩罚跳过对齐。 当 --genafpair 选项为时有效
被选中。 默认值：-6.00

——莱克斯普 数
跳过对齐的间隙扩展惩罚。 当 --genafpair 选项为时有效
被选中。 默认值：0.00

--bl 数
花开 数 使用矩阵（Henikoff 和 Henikoff 1992）。 数= 30、45、62 或 80。
默认值：62

--jtt 数
捷通PAM 数 (Jones et al. 1992) 矩阵被使用。 数>0. 默认值：BLOSUM62

- Tm值 数
跨膜聚丙烯酰胺 数 (Jones et al. 1994) 矩阵被使用。 数>0. 默认：
花62

--矩阵 矩阵文件
使用用户定义的 AA 评分矩阵。 的格式 矩阵文件 是一样的
爆破。 输入核苷酸序列时忽略。 默认值：BLOSUM62

--f模型
将 AA/nuc 成分信息合并到评分矩阵中。 默认值：关闭

输出
--clustalout
输出格式：clustal 格式。 默认值：关闭（fasta 格式）

--输入顺序
输出顺序：与输入相同。 默认值：开

--重新排序
输出顺序：对齐。 默认值：关闭（输入顺序）

--树出
引导树输出到 输入.tree 文件。 默认值：关闭

- 安静的
不要报告进度。 默认值：关闭

输入
--nuc
假设序列是核苷酸。 默认值：自动

--氨基
假设序列是氨基酸。 默认值：自动

- 种子 对齐1 [- 种子 对齐2 - 种子 对齐3 ...]
种子比对中给出 对齐_n （fasta 格式）与中的序列对齐
输入. 保留每个种子内的对齐。

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