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mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - 一系列二维图像的非线性配准。

概要

mia-2dmyoset-all2one-非刚性 -i -o [选项]

商品描述

mia-2dmyoset-all2one-非刚性 该程序运行一系列的非刚性注册
图像集中给出的图像。 所有图像都注册到一个用户定义的参考
图片。

配置

文件IO
-i --in-file=（输入，必填）； 细绳
输入灌注数据集

-o --out-file=（输出，需要）； 细绳
输出灌注数据集

--out-filebase=reg
注册文件的文件名basae，文件类型从图像中扣除
输入数据集中的文件类型。

注册
-k --跳过=0
跳过系列开头的图片跳过开头的图片
该系列

-O -​​-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
用于最小化的优化器

-l --毫克水平=3
多分辨率级别多分辨率级别

-f --transForm=样条
转换类型转换类型有关支持的插件，请参阅
插件：2dimage/transform

-r --ref=-1
参考框架（-1 == 使用中间的图像）参考框架（-1 == 使用
中间的图）

政策和帮助 & 资料包
-V --verbose=警告
输出的详细程度，打印给定级别和更高优先级的消息。
从最低级别开始支持的优先级是：
info - 低级消息
追踪 - 函数调用跟踪
失败 - 报告测试失败
警告 - 警告
错误 - 报告错误
调试 - 调试输出
的话 - 普通消息
致命 - 只报告致命错误

- 版权
印刷版权信息

-h --帮助
打印此帮助

-？ - 用法
打印一个简短的帮助

- 版
打印版本号并退出

处理中
--线程=-1
用于处理的最大线程数，这个数字应该更低
或等于机器中逻辑处理器内核的数量。 (-1:
自动估计）。用于处理的最大线程数，这
number 应该小于或等于逻辑处理器内核的数量
机器。 （-1：自动估计）。

插件： 1d/样条bc

镜面 在边界上镜像的样条插值边界条件

（无参数）

重复 在边界处重复值的样条插值边界条件

（无参数）

零 样条插值边界条件假设外部值为零

（无参数）

插件： 一维/样条内核

样条 B-spline kernel创建，支持的参数有：

d = 3; [0, 5] 中的整数
样条度数。

妈妈们 OMoms-spline 内核创建，支持的参数有：

d = 3; [3, 3] 中的整数
样条度数。

插件： 2d图像/成本

公司 具有掩蔽支持的局部归一化互相关。，支持的参数
是：

w = 5; 输入 [1, 256]
用于评估局部十字的窗口的半宽
相关性。

LSD 最小二乘距离测量

（无参数）

mi 基于样条解析的互信息，支持的参数有：

切 = 0; 浮动在 [0, 40]
在高强度和低强度下切割的像素百分比
离群值。

宾士 = 64; 输入 [1, 256]
用于运动图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=3]; 工厂
用于运动图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件
见插件：1d/splinekernel

罗宾斯 = 64; 输入 [1, 256]
用于参考图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=0]; 工厂
用于参考图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件-
ins见PLUGINS:1d/splinekernel

NCC 归一化互相关。

（无参数）

神经生长因子 该函数根据归一化梯度评估图像相似度
领域。 提供多种评估内核，支持的参数有：

评估 = ds; 字典
插件子类型。 支持的值是：
sq - 差的平方
ds - 尺度差的平方
点 - 标量乘积核
交叉 - 交叉产品内核

SSD 2D imaga cost：平方差之和，支持的参数有：

自动阈值 = 0; 浮动在 [0, 1000]
通过仅获取强度值来使用移动图像的自动屏蔽
到大于给定阈值的帐户。

规范 = 0; 布尔值
设置指标是否应按图像像素数进行归一化。

ssd-自动屏蔽
2D 图像成本：平方差的总和，基于给定的自动屏蔽
阈值，支持的参数有：

阈值 = 0; 双倍的
参考图像的阈值强度值。

阈值 = 0; 双倍的
源图像的阈值强度值。

插件： 二维图像/全成本

图片 也处理多分辨率的广义图像相似性成本函数
加工。 实际的相似性度量被赋予 es 额外参数。，
支持的参数有：

成本 = 固态硬盘； 工厂
成本函数核。 有关支持的插件，请参阅 PLUGINS:2dimage/cost

调试 = 0; 布尔值
保存中间结果用于调试。

文献 =（输入，字符串）
参考图像。

SRC =（输入，字符串）
学习形象。

重量 = 1; 漂浮
成本函数的权重。

标签图像
映射两个图像的标签并处理标签的相似性成本函数
保留多分辨率处理，支持的参数有：

调试 = 0; [0, 1] 中的整数
将距离变换写入 3D 图像。

最大标签 = 256; [2, 32000] 中的整数
要考虑的最大标签数。

文献 =（输入，字符串）
参考图像。

SRC =（输入，字符串）
学习形象。

重量 = 1; 漂浮
成本函数的权重。

蒙面图像
广义掩码图像相似性成本函数也处理多
分辨率处理。 提供的面具应该是密集填充的区域
多分辨率处理，否则掩码信息可能会丢失
缩小图像时。 参考掩码和转换后的掩码
学习图像由二进制AND组合而成。 给出了实际的相似性度量
es 额外参数，支持的参数有：

成本 = 固态硬盘； 工厂
成本函数核。 有关支持的插件，请参阅
插件：2dimage/maskedcost

文献 =（输入，字符串）
参考图像。

参考掩码 =（输入，字符串）
参考图像掩码（二进制）。

SRC =（输入，字符串）
学习形象。

src-掩码 =（输入，字符串）
研究图像掩码（二进制）。

重量 = 1; 漂浮
成本函数的权重。

插件： 二维图像/IO

BMP BMP 2D 图像输入/输出支持

可识别的文件扩展名：.BMP、.bmp

支持的元素类型：
二进制数据，无符号 8 位，无符号 16 位

数据池 与内部数据池之间的虚拟 IO

可识别的文件扩展名：.@

迪康 DICOM 的 2D 图像 io

可识别的文件扩展名：.DCM、.dcm

支持的元素类型：
有符号 16 位，无符号 16 位

外 一个用于 OpenEXR 图像的 2dimage io 插件

可识别的文件扩展名：.EXR、.exr

支持的元素类型：
无符号 32 位，浮点 32 位

JPG 用于 jpeg 灰度图像的 2dimage io 插件

可识别的文件扩展名：.JPEG、.JPG、.jpeg、.jpg

支持的元素类型：
无符号 8 位

PNG 一个用于 png 图像的 2dimage io 插件

可识别的文件扩展名：.PNG、.png

支持的元素类型：
二进制数据，无符号 8 位，无符号 16 位

原 RAW 2D 图像输出支持

可识别的文件扩展名：.RAW、.raw

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

TIF TIFF 2D 图像输入/输出支持

可识别的文件扩展名：.TIF、.TIFF、.tif、.tiff

支持的元素类型：
二进制数据，无符号 8 位，无符号 16 位，无符号 32 位

远景 一个用于 vista 图像的 2dimage io 插件

可识别的文件扩展名：.V、.VISTA、.v、.vista

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

插件： 二维图像/掩蔽成本

公司 具有掩蔽支持的局部归一化互相关。，支持的参数
是：

w = 5; 输入 [1, 256]
用于评估局部十字的窗口的半宽
相关性。

mi 基于样条解析的带掩码的互信息，支持的参数有：

切 = 0; 浮动在 [0, 40]
在高强度和低强度下切割的像素百分比
离群值。

宾士 = 64; 输入 [1, 256]
用于运动图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=3]; 工厂
用于运动图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件
见插件：1d/splinekernel

罗宾斯 = 64; 输入 [1, 256]
用于参考图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=0]; 工厂
用于参考图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件-
ins见PLUGINS:1d/splinekernel

NCC 具有掩蔽支持的归一化互相关。

（无参数）

SSD 带掩蔽的平方差的总和。

（无参数）

插件： 2d 图像/变换

仿射 仿射变换（六自由度），支持的参数有：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

硬性 刚性变换（即旋转和平移，三度
自由），支持的参数有：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

旋转中心 = [[0,0]]; 2df向量
相对旋转中心，即<0.5,0.5>对应的中心
支持矩形。

回转 旋转变换（即围绕一个给定的中心旋转一度
自由），支持的参数有：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

旋转中心 = [[0,0]]; 2df向量
相对旋转中心，即<0.5,0.5>对应的中心
支持矩形。

仿样 可以由一组 B 样条系数描述的自由形式变换
和一个底层的 B 样条内核，支持的参数是：

茴香酸 = [[0,0]]; 2df向量
以像素为单位的各向异性系数率，非正值将是
被 'rate' 值覆盖..

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

核心 = [bspline:d=3]; 工厂
转换样条内核.. 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

罚款 =; 工厂
变换惩罚项。 有关支持的插件，请参阅
插件：2dtransform/splinepenalty

率 = 10; 浮动在 [1, inf)
以像素为单位的各向同性系数率。

翻译 仅平移（两个自由度），支持的参数有：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

vf 这个插件实现了一个转换，为每个定义了一个翻译
定义转换域的网格点。，支持
参数是：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

插件： 2d变换/样条惩罚

卷曲 divcurl 对转换的惩罚，支持的参数是：

卷曲 = 1; 浮动在 [0, inf)
卷曲的惩罚权重。

DIV = 1; 浮动在 [0, inf)
分歧的惩罚权重。

规范 = 0; 布尔值
如果惩罚应该相对于图像进行归一化，则设置为 1
大小。

重量 = 1; 浮在 (0, inf)
惩罚能量的权重。

例

通过优化基于样条的曲线来注册 segment.set 中给出的灌注系列
使用互信息进行系数率为 16 像素的变换并惩罚
使用权重为 2.0 的 divcurl 进行转换。

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i 段.set -o 注册.set
-f样条：率= 16，惩罚= [divcurl：权重= 2.0]图像：成本= mi，权重= 2.0

作者

格特·沃尔尼

版权

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