这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 miconv
程序:
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miconv - 在格式之间转换医学图像数据。
概要
微信 [选项] []
商品描述
miconv:在格式之间转换医学图像数据。
文件格式由其文件扩展名自动识别。 它预计在
末尾至少有两个文件名/目录(用于输入和输出文件)
命令行。 一个例外是选项“-l”,它只需要一个
文件名/目录以列出其内容。
总类 opţiuni:
-l: 列出以空格分隔的一组协议参数并退出。 使用“-l help”获得
可能的参数列表和“-l all”列出所有参数。 参数
使用此选项时必须省略 'output-file'。
-p: 为默认值加载此协议
协议 opţiuni:
-日期:扫描日期 [yyyymmdd](默认值 = 20140807yyyymmdd)
-fp: FOV 在相位方向 [mm] (默认 = 220.0mm)
-fr: 读取方向的 FOV [mm] (默认 = 220.0mm)
-fs:切片方向的 FOV [mm](默认值 = 5.0mm)
-nr:连续测量的次数(默认值=1)
-nx:读取方向的点数(默认值=128)
-纽约:相位方向上的点数(默认值=128)
-nz:切片方向的点数(默认值=1)
-出生:患者的出生日期 [yyyymmdd](默认值 = 00000000yyyymmdd)
-pid:唯一的患者标识符(默认值=未知)
-pname:患者全名(默认=未知)
-psex:患者性别(选项=MFO,默认=O)
-p权重:患者体重 [kg](默认值 = 50.0kg)
-科学的:科学家姓名(默认=未知)
-标准差:切片间距(从中心到中心)[mm](默认=10.0mm)
-serd:系列描述(默认=未知)
-塞尔诺:系列号(默认= 1)
-st: 切片厚度 [mm] (默认=5.0mm)
-螺柱:研究描述(默认=未知)
-tcname:发射线圈的名称(默认=未知)
-茶: 序列的回波时间 [ms] (默认 = 80.0ms)
-时间: 扫描时间 [hhmmss] (默认=091009hhmmss)
-tr:连续激励之间的时间 [ms](默认值 = 1000.0ms)
文件 读 opţiuni:
-cplx: 将数据视为复杂的并提取给定的组件 (options=none abs pha real
图像,默认=无)
-ds: 如果读取多个数据集,则要提取的数据集索引
-过滤: 只读那些协议参数“key”包含字符串的数据集
“值”(以“键=值”格式给出)
-fmap:为了减少内存使用,在读取(原始)数据后保持文件映射,但写入
进入数组会导致崩溃
-jdx: 如果存在多个 JDX 阵列,请选择此项
-方言: 使用给定的格式方言读取数据。 (默认为无方言)
-射频: 读取格式,用它来覆盖文件扩展名(选项=自动检测 3db 分析 asc
coi dat dcm 双浮点 gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ,默认=自动检测)
-跳过: 在读取原始数据之前跳过这个字节数(默认值=0)
文件 写 opţiuni:
-附加: 附加到现有文件,仅适用于原始数据
-fnamepar: 以空格分隔的协议参数列表,在创建唯一的时包含
文件名
-无尺度: 存储整数时不要重新调整值
-分裂:强制将协议数据对拆分为单独的文件。
-类型: 图像表示类型 (options=automatic float double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit ,默认=自动)
-w方言: 使用给定的格式方言写入数据。 (默认为无方言)
-wf: 写入格式,用它来覆盖文件扩展名(选项=自动检测 3db 分析 asc
coi dat dcm 双浮点 gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ,默认=自动检测)
-wp: 将协议单独存储到此文件中。
过滤器:
-对齐 :将数据与几何(体素位置)对齐
外部文件
-自动掩码 :使用基于直方图的自动阈值创建掩码
-簇 :创建非零相邻/下一个相邻体素的集群,按大小排序
-卷积 <卷积核(Gauss NoFilter Triangle Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp ),核直径 [mm]> : 空间维度的卷积
-去趋势 <要去除的低频分量的数量,结果的零均值
timecourse> :随着时间的推移消除缓慢漂移
-编辑 <格式为(timeframe,slicepos,phasepos,readpos)的位置/范围字符串,新值
of voxel> : 编辑单个体素值
-genmask :创建包含所有具有值的体素的蒙版
在给定范围内
-各向同性 :通过插值使图像体素各向同性(图像
几何形状不会改变)
-低通 : 低通滤波
-最大限度 : 裁剪所有高于最大值的值
-maxip : 执行最大强度投影
给定方向
-合并 : 通过扩展时间维度将数据集合并为单个数据集
-分钟 : 剪裁低于最小值的所有值
-迷你IP : 执行最小强度投影
给定方向
-无NaN : 用给定的值替换每个 NaN
-pflip : 在相位方向翻转数据
-普兰奇 : 选择范围
相位方向
-项目 : 对给定的进行平均投影
方向
-分位数掩码 :创建包含给定分数上方的所有体素的蒙版
门槛
-重新采样 : 图像数据的时间调整
-调整大小 : 图像数据的空间调整
-重新切片 : 将图像重新切片为给定的
取向
-翻转 : 在读取方向翻转数据
-腐烂 : 平面内旋转
-排列 : 选择范围
阅读方向
-规模 :重新调整图像值
- 翻转 : 在切片方向翻转数据
-转移 <读取方向偏移[像素]、相位方向偏移[像素]、切片方向偏移
[pixel]> : 在空间上移动数据
-切片时间 : 更正
不同切片采集时间点
-拼接 : 拼接
给定方向的图像
-范围 : 选择范围
切片方向
-swapdim <[rps][-],[rps][-],[rps][-]> : 通过指定方向交换/反射尺寸
三重附加可选反射标志
-瓦 : 将切片组合成一个方形的二维图像
-奇怪的 : 选择范围
时间方向
-tshift : 及时移动数据
-typemax : 剪辑高于特定数据类型最大值的所有值
-typemin : 剪裁低于特定数据类型最小值的所有值
-使用掩码 :创建一维数据集,包括来自文件的掩码内的所有值
其他名称 opţiuni:
-v 或者用于调试/跟踪所有组件或单个
组件,分别。 日志级别的可能值为:0(noLog)、1(errorLog)、
2(警告日志),3(信息日志)。
-h, - 帮帮我, -救命, - 版 : 打印帮助文本或版本信息
支持 文件 扩展(格式):
3db(Iris3D 二进制数据)
分析
(NIFTI/ANALYZE,方言:fsl)
asc(ASCII,方言:tcourse)
coi(JCAMP-DX 数据集)
dat (Matlab ascii 2D 数据矩阵)
dcm(DICOM,方言:西门子)
double(双重原始数据)
浮动(浮动原始数据)
gz(其他格式的 GNU-Zip 容器)
hdr(文件间,方言:neurostat)
hdr(NIFTI/ANALYZE,方言:fsl)
idx(ASCII 中非零的 3D 索引)
ima(DICOM,方言:西门子)
文件间
(文件间,方言:neurost)
jdx(JCAMP-DX 图像格式)
mag(DICOM,方言:西门子)
mhd(元图像)
nii (NIFTI/ANALYZE, 方言: fsl )
ph(DICOM,方言:西门子)
png(便携式网络图形)
pos(ASCII 中非零的 xy 位置)
pro(ODIN 测量协议)
reg(Ansoft HFSS ASCII)
s16bit(有符号的 16 位原始数据)
s32bit(有符号的 32 位原始数据)
s8bit(有符号的 8 位原始数据)
smp(JCAMP-DX 数据集)
u16bit(无符号 16 位原始数据)
u32bit(无符号 32 位原始数据)
u8bit(无符号 8 位原始数据)
使用 onworks.net 服务在线使用 miconv