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mincstats - 计算 minc 文件体素的简单统计数据

概要

明克统计 [ ] .mnc

商品描述

明克统计 将计算 minc 文件的所有体素的简单统计量度。
请注意，这些是全局统计量度，而不是逐体素量度（参见
矿工 为了那个原因）。 默认情况下，计算所有统计信息。 如果有任何统计
通过命令行选项请求，则只打印请求的统计信息。

该程序的一个非常有用的功能是能够限制体素集
包含在统计计算中，或者通过限制包含值的范围，
或使用具有受限范围的掩码文件。 输入文件的多个范围或
可以指定掩码文件。 对于每个包含的音量值范围，以及每个范围
的掩码值，打印出相关的统计信息（n*m 值，其中 n 是数字
体积范围和 m 掩码范围的数量）。 这些计算是在一个单一的
传递数据，因此指定多个范围比运行
反复编程。 这在计算许多区域平均值时非常有用
VOI 掩码音量。

应特别提及直方图和相关的统计措施。 这
直方图的默认范围是从文件中的最小值到最大值。 在
当直方图 bin 的数量与
文件中可能值的数量（例如，全范围字节数据的 256 个 bin），
使用默认直方图范围时，直方图可能会出现一些奇怪的特征。 这个
源于数据的离散化，然后重新组合成一个稍微
不匹配的直方图。 以字节数据为例，应该使用的值为256
bins 和一个直方图范围，该范围扩展到最小值和半个 bin 下方的半个 bin
以上最大。 使用选项 -离散直方图 自动解决这个问题，或使用
-整数直方图 如果输入数据本质上是整数，则具有单位宽度的 bin
（例如标签数据）。 一般来说，应该注意离散化的重新组合
将数据转换为具有接近离散化级别的 bin 大小的直方图。

配置

请注意，可以以缩写形式指定选项（只要它们是唯一的）和
可以在命令行的任何地方给出。 打印统计信息的顺序
将始终相同，无论它们在请求上的顺序或顺序如何
命令行

总类 选项

-破坏者
覆盖现有文件。

-noclobber
不要覆盖现有文件（默认）。

-冗长
打印出额外的信息（比默认的多）。

-安静的 仅打印出请求的数字

-max_buffer_size_in_kb 尺寸
指定内部缓冲区的最大大小（以千字节为单位）。 默认值为 4 MB。

无效 折扣值 选项

-ignore_nan
从统计计算中排除无效值（超出有效范围）。 这是
默认值。

-include_nan
将无效值视为零并将它们包含在统计计算中。

-replace_nan 折扣值
用指定的值替换无效值并将新值包含在
统计计算。

音量 范围 选项

-地板 min1,min2，...
要包含在统计中的数据范围的下限的逗号分隔列表
计算。

-细胞 max1,max2，...
要包含在统计中的数据范围的上限列表，以逗号分隔
计算。

-范围 min1,max1,min2,max2，...
以逗号分隔的数据范围的下限和上限列表
统计计算。

-二进制值 val1,val2，...
要包含在统计计算中的以逗号分隔的整数值列表。 一个范围
+/- 0.5 被定义在每个指定值周围。

-面具 文件名.mnc
用于屏蔽统计计算中包含的数据的文件名。 为了
这有任何效果，您必须使用以下之一指定掩码范围
选项​​。

-mask_floor min1,min2，...：
喜欢 -地板，但应用于掩码文件。

-mask_ceil max1,max2，...
喜欢 -细胞，但应用于掩码文件。

-掩码范围 min1,max1,min2,max2，...
喜欢 -范围，但应用于掩码文件。

-mask_bin 值 val1,val2，...
喜欢 -二进制值，但应用于掩码文件。

直方图 选项

-直方图 文件名
指定写入直方图的文件的名称。 如果多个范围
或指定掩码范围，然后将所有直方图写入此文件，
由空行分隔。 描述每个直方图的信息写在之前
它在以哈希（磅）字符开头的行中。 可以加载这些文件
进入 gnuplot。

-hist_bins 箱数
指定直方图中的 bin 数量。

-垃圾箱 箱数
同义词 -hist_bins.

-hist_floor 分钟
指定直方图的下限。

-hist_ceil 最大
指定直方图的上限。

-hist_range 分钟 最大
指定直方图的范围

-整数直方图
创建单位宽度的 bin，以整数值为中心。 这对
整数数据，例如标签。 直方图范围四舍五入到最接近的整数，
然后最小值降低，最大值提高 0.5。 取bin数
作为这两个值的差异。 请注意，0.01 被添加到最小值和
从四舍五入之前的最大值中减去，以确保
正确指定的范围（例如 [0.5,255.5]）被保留。 如果你想拥有
大于 XNUMX 的整数 bin，您必须计算出直方图范围
和垃圾箱的数量，而不是使用这个选项。

-离散直方图
尝试将直方图与输入数据的离散化相匹配。 这是
适用于以整数表示形式存储的连续数据，并且
当需要接近离散化的 bin 宽度时。 这类似于
-整数直方图，除了直方图范围先转换为体素
在任一侧四舍五入并扩展半个 bin 的值。 这个新体素
然后将范围转换回实际值。 bin 的数量被视为
体素值范围的差异。 请注意，这不考虑变化
在切片到切片缩放中，仍然可能会出现奇怪的直方图效果。 这个选项是
旨在提供类似于 卷统计.

-int_max_bins 箱数
使用上述指定可以自动调整大小的最大直方图
选项。 该限制可防止意外创建巨大的直方图。 这个选项
取代了旧的 -max_bins MINC 1.1 中的选项。

基础 统计

-all 计算所有统计量度。 这是默认设置。

-none 同义词 -计数 （与volume_stats 相似）。 请注意，虽然这是
必要 卷统计，这里不需要，因为指定了这些
选项自动关闭 -all

-计数 计算范围和掩码内的体素数。

-百分
打印范围和蒙版内体素的百分比

-体积
打印范围和掩码内的体素体积（以毫米立方为单位）。

-分钟 打印最小值。

-最大限度 打印最大值。

-和 打印所有值的总和。

-sum2 打印所有值的平方和。

-意思 打印平均值。

-方差
打印差异。

-stddev
打印标准偏差。

-偏度
打印样本偏度（第三矩）。

-峰态
打印样本峰度（第 4 时刻）。

-CoM 打印质心。 体素坐标和世界坐标都是
打印。 体素坐标按文件顺序打印，而世界
坐标按 x,y,z 顺序打印。

-com 同义词 -CoM.

-仅限世界
仅在世界坐标中打印质心。

直方图 统计

请注意，直方图统计数据仅来自直方图计数和 bin
中心，因此诸如中位数之类的结果将与真实值不完全相同
所有包括体素。 例如，中位数的误差可以大到半个 bin
宽度。 此外，如果直方图范围小于包含体素的范围，则
结果仅适用于直方图中包含的体素。

-hist_count
打印直方图中的体素数。 这可能与数量不同
如果直方图范围小于
包括数据。

-hist_percent
打印直方图中包含的体素百分比。

-中位数
打印直方图中位数。

-多数
打印计数最多的 bin 的 bin 中心（强度值）。

-双模态T
打印将体积分成两类的双峰阈值默认为
使用 otsu 方法（见下面的选项）

-大津 使用 Otsu N, "A Threshold Selection Method from Grey-level
直方图”，IEEE Trans on Systems, Man and Cyber​​netics. 1979, 9:1; 62-66 to
计算阈值

-小猫
使用 Kittler&Illingworth '86 算法计算双峰阈值。
Kittler, J. & Illingworth J.，“最小错误阈值”，模式识别，
第 19 卷，第 41-47 页，1986 年。

-卡普尔 使用 Kapur 等人。 '85 算法来计算双峰阈值。 卡普尔，
Sahoo & Wong “一种使用熵的灰度图像阈值的新方法
直方图”，计算机视觉、图形和图像处理，第 29 卷，pp
273-285，1985。

-简单
使用简单的均值算法计算双峰阈值 这是更多
在计算上比某些替代方案昂贵，并且似乎没有做
很好。 但它似乎比其他一些方法更健壮。

-pctT 打印直方图特定临界百分比所需的阈值。

-熵
打印香农熵。

H(x) = - 总和(P(i) * log2(P(i))

其中 P(i) 是 bin 概率

通用 选项 所有 命令：

-救命 打印命令行选项的摘要并退出。

-版
打印程序的版本号并退出。

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