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miniasm - 用于长读序列的从头汇编器

概要

最小化 [-b12V[-m 最小匹配[-i 米登[-s 最小跨度[-c 最小冠状病毒[-o 最小Ovlp[-h
最大行[-I 阈值[-g 最大差距[-d 最大BubDist[-e 最小尺寸[-f 读取文件[-n
n轮[-r 下降率[-F 最终下降率[-p 输出信息] 映射文件 > 输出.gfa

商品描述

Miniasm 是一个非常快速的基于 OLC 的 de novo 汇编器，用于嘈杂的长读取。 它需要全部对 -
所有读取 PAF 格式的自映射作为输入并输出 GFA 中的装配图
格式。 与主流组装商不同，miniasm 没有共识步骤。 它
简单地连接读取序列片段以生成最终的 unitig 序列。 因此
每个碱基的错误率类似于原始输入读取。

配置

预选 选项
-m INT 丢弃映射小于 INT 匹配碱基（PAF 中的 col10）[100]。 这个
选项具有相同的作用 -L 的小地图。

-s INT 丢弃映射短于 INT-bp [1000]。 此选项也影响第二个
一轮读取过滤和最小重叠长度。

-i FLOAT 在读取过滤期间，忽略下面 col10/col11 的映射 FLOAT [0.05]。
忽略的映射仍然用于读取重叠。

-c INT 其他读取的最小覆盖率 [3]。 在第一轮过滤中，miniasm
找到覆盖的最长区域 INT 或更多阅读。 在第二轮中，它
此外要求每个剩余的基地都被覆盖 INT 至少有基础
最小跨度/2 来自其他读取的末端。

重叠 选项
-o INT 最小重叠长度[与 最小跨度]

-h INT 最大悬垂长度 [1000]。 悬垂是一个未映射的区域，应该是
映射给出了真正的重叠或真正的包含。 如果悬垂太长，
该映射被视为内部匹配，将被忽略。

-I FLOAT 映射的映射长度与映射+悬垂长度的最小比率
被视为包含或重叠 [0.8]。 此选项的作用类似于
-h，除了它控制比例，而不是长度。

图表 布局 选项
-g INT 映射中两个读数之间的最大差距差异 [1000]。 这个参数是
仅用于传递归约。

-d INT 气泡爆破的最大探测距离 [50000]。 气泡长于 INT
不会弹出。

-e INT 如果一个 unitig 由少于 INT 读[4]。
Miniasm 可能会尝试在各个步骤中删除小单元。

-f 文件 读取 FASTA 或 FASTQ 格式的序列文件以生成 unitig 序列
[空值]。 如果此选项不存在，miniasm 会产生一个 GFA 输出，而没有
序列。

-r 浮点1,[浮点2]
最大和最小重叠下降率 [0.7,0.5]。 令重叠(v->w) 为重叠
边的长度 v->w 和 maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} 是最大的长度
重叠。 如果重叠（v->w）/maxovlp（v）低于a，则Miniasm丢弃重叠v->w
由该选项控制的阈值。 最低限度适用 n轮 短回合
重叠去除与增加的阈值之间 浮点数 和 浮点数.

-n INT 几轮短重叠去除[3]。

-F FLOAT 短单元去除后的重叠下降率阈值 [0.8]

其他 选项
-b 表示在输入中，同一个映射很可能被给出两次

-1 跳过第一轮预组装读取选择

-2 跳过第二轮预组装读取选择

-p STR 输出信息和格式 [ug]。 可能的 STR 值包括 - 床： 邮政-
BED 格式的过滤读取区域； PAF: 后过滤之间的映射
读取; sg：读取GFA格式的重叠图； ug: GFA 中的 unitig 图
格式。

-V 将版本号打印到标准输出

INPUT FORMAT

Miniasm 读取 Pairwise mApping Format (PAF) 中的映射位置，这是一个 TAB-
分隔的文本格式，每行至少包含 12 个字段，如中所述
下表：

┌────┬──────────┬───────────────────────────────────── ────────────────────────────┐
│关口 │ Type │ 产品描述 │
├────┼────────┼────────────────────────────────────── ────────────────────────────┤
│ 1 │ 字符串 │ 查询序列名称 │
│ 2 │ int │ 查询序列长度│
│ 3 │ int │ 查询起始坐标（从0开始）│
│ 4 │ int │ 查询终点坐标（从0开始）│
│ 5 │ char │ `+' 如果查询和目标在同一条链上； `-'如果相反│
│ 6 │ 字符串 │ 目标序列名称 │
│ 7 │ int │ 目标序列长度│
│ 8 │ int │ 原始链上的目标起始坐标│
│ 9 │ int │ 原始链上的目标终点坐标│
│ 10 │ int │ 映射中匹配碱基的数量 │
│ 11 │ int │ 映射中的基数，包括间隙 │
│ 12 │ int │ 映射质量（0-255，缺失为255）│
└────┴────────┴──────────────────────────────────── ────────────────────────────┘

请参阅 小地图(1) 各字段的详细说明。

OUTPUT FORMAT

Miniasm 以图形片段程序集格式 (GFA) 输出程序集。 它是一个
基于行的 TAB 分隔格式，前导字母表示行的类型。
下表给出了 miniasm 使用的线型：

┌──────┬────────────────┬──────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Line │ 评论 │ 固定 领域 │
├──────┼───────────────┼────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ H │ 标题 │ N/A │
│ S │ 段 │ segName segSeq │
│ L │ 重叠│ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ 黄金路径│ utgName utgStart readName:start-end readOri 长度│
└─────┴───────────────┴─────────────────────────────── ──────────────────────────┘

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