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scythe - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 scythe

这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 scythe,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

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大镰刀 - 贝叶斯适配器修剪器

概要


scythe -t sanger -a /path/to/adaptors.fasta [选项]

从序列文件中修剪 3´ 端适配器污染物。 如果没有指定输出文件,
scythe 将使用标准输出。

配置


-p, --prior 之前(默认值:0.300)
-q, --quality-type 质量类型,illumina、solexa 或 sanger(默认值:sanger)
-m, --matches-file 匹配文件(默认:无输出)
-o, --output-file 输出修剪后的序列文件(默认:stdout)
-t, --tag 在标头中添加一个标签,指示 Scythe 切割一个序列(默认:关闭)
-n, --min-match 考虑的最小污染物(默认值:5)
-M, --min-keep 小于或等于此长度的过滤器序列(默认值:35)
--quiet 不输出有关修剪到标准输出的统计信息(默认值:关闭)
--help 显示此帮助并退出
--version 输出版本信息并退出

这些是 scythe 识别的质量编码方案(参见“--质量”)

phred PHRED 质量分数(例如来自 Roche 454)。 ASCII 没有
偏移量,范围:[4, 60]。
sanger Sanger 是 PHRED ASCII 质量,偏移量为 33,
范围:[0, 93]。 来自 NCBI SRA 或 Illumina 管道 1.8+。
solexa Solexa(也是非常早期的Illumina——管道<1.3)。
ASCII 偏移量为 64,范围:[-5, 62]。 使用不同的
质量到概率的转换比其他方案。
1.3 和 1.7 之间的管道版本的 Illumina 输出。
ASCII 偏移量为 64,范围:[0, 62]

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