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snap-aligner_single - 可扩展的核苷酸比对程序

商品描述

欢迎使用 SNAP 1.0beta.18 版。

参数太少用法：snap-aligner single [ ] 在哪里
是要处理的文件列表。

配置

-o 文件名输出对齐到 SAM 或 BAM 格式的文件名，取决于文件
扩展或显式类型说明符（见下文）。 使用具有显式类型的破折号
写入标准输出的说明符，例如 -o -山姆 - 将 SAM 输出写入
标准输出

-d 每个读取或对允许的最大编辑距离（默认值：14）

-n 每次读取使用的种子数

-sc 种子覆盖率（即 readSize/seedSize）。 浮点。 独家与 -n.
（默认使用 -n)

-h 每个种子要考虑的最大命中数（默认值：300）

-多发性硬化症 每个位置的最小种子匹配（默认值：1）

-t 线程数（默认为每个内核一个）

-b 将每个线程绑定到它的处理器（这是默认设置）

--b 不要将每个线程绑定到它的处理器（注意双破折号）

-P 禁用基因组中的缓存预取； 可能对小机器有帮助
缓存或大量内核/缓存

-所以 按对齐位置对输出文件进行排序

-SM 用于在 Gb 中排序的内存

-x 探索一些过于流行的种子（用于过滤）

-f 在编辑距离限制内的第一场比赛中停止（过滤模式）

-F 过滤器输出（a=仅对齐，s=仅单次命中（MAPQ >= 10），u=仅未对齐，
l=足够长以对齐（见 -MRL))

-S 抑制额外的处理（仅排序 BAM 输出） i=index, d=duplicate
标记

-I 忽略在双端对齐器中不匹配的 ID

-Cxx 必须后跟两个 + 或 - 符号，表示是否剪辑低质量

分别从读的前面和后面的碱基； 默认值：仅返回 (-C-+)

-M 表示生成的 SAM 文件中的 CIGAR 字符串应使用 M（对齐
匹配）而不是 = 和 X（序列（错误）匹配）。 这是默认的

-= 使用带有 = 和 X 而不是 M 的新式 CIGAR 字符串。 -M

-G 指定在生成 CIGAR 字符串时使用的间隙惩罚

-pf 指定包含运行速度的文件名

- 生命值 表示不使用大页面（这可能会加快索引加载速度并减慢
结盟）
这是默认值

-生命值 表示使用大页面（这可能会加快对齐速度并减慢索引加载速度）。

-D 指定额外的搜索深度（超出 SNAP 最佳命中的编辑距离
用于计算 MAPQ）。 默认 2

-rg 如果在输入文件中未指定，则指定默认读取组

-R 为 SAM/BAM 输出指定整个读取组行。 这必须包括一个 ID
标签。 如果它不以 '@RG' 开头，SNAP 将添加它。 通过 \t 指定制表符。 二
反斜杠将生成单个反斜杠。 反斜杠后跟其他任何内容
是非法的。 因此，'-R @RG\tID:foo\tDS:my data' 将生成带有默认标记的读取
foo 和 @RG 行，其中还包括 DS:my 数据字段。

-sa 包括从 SAM 或 BAM 文件读取的辅助 (0x100) 或补充
(0x800) 标志集； 默认是删除它们。

-om 输出多个对齐。 将最大额外编辑距离作为参数
相对于最佳对齐，以允许二次对齐

-奥马克斯 限制每次读取产生的比对数 -om.
这意味着 -om 会产生更多

比 -奥马克斯 次要对齐，SNAP 将只写出最好的 -奥马克斯 其中，
其中“最佳”表示“具有最低的编辑距离”。 领带被随意打破。

-mpc 限制生成的对齐数量 -om 每个重叠群这么多
（染色体/FASTA 条目）；

“mpc”的意思是“每个重叠群的最大值； 默认无限制。
此过滤器应用在 -奥马克斯. 主要对齐方式

被计算在内。

-pc 为来自 SAM 或 BAM 文件的读取保留软剪辑

-xf 增加 BAM 和 GZ 文件的扩展系数（默认 1.0）

-HDP 在错误消息上使用 Hadoop 风格的前缀 (reporter:status:...)，并发出
hadoop风格的进度消息

-MRL 指定要对齐的最小读取长度，读取比此短（裁剪后）
保持不对齐。
这应该是

比种子长度大一点，否则你可能会得到一些有问题的对齐方式。
默认50

地图 使用文件映射加载索引而不是读取它。
在这种情况下，这可能会加快索引加载速度

其中 SNAP 在同一索引上重复运行，并且该索引大于一半
机器的内存大小。 在某些操作系统上，加载索引
地图 如果索引不在内存中，则比没有慢得多。 你可能会考虑
添加 -预 加载时将索引预取到系统缓存中 地图 当你
不要指望索引在缓存中。

-预 将索引预取到系统缓存中。
这才有意义 地图, 并且只有在索引不是

已经在内存中，并且您的操作系统读取映射文件的速度很慢（即，
某些版本的 Linux，但不是 Windows）。

-lp 以低调度优先级运行 SNAP（仅在 Windows 上实现）

-nu No Ukkonen：不减少基于先前候选的编辑距离搜索。 这个
选项纯粹是为了评估使用 Ukkonen 算法的性能效果
而不是 Smith-Waterman，并指定它会减慢执行速度
改进对齐方式。

-没有 No Ordering：不要对reads的评估进行排序，以便选择更有可能的
首先是候选人。 这个选项纯粹是为了评估性能效果
读取评估顺序，并指定它会减慢执行速度
改进对齐方式。

-nt 不要根据错过的种子命中来截断搜索。 这个选项纯粹是为了
评估候选截断的性能影响，并指定它将
在不改善对齐的情况下减慢执行速度。

-工作负载 以兆字节为单位的写入缓冲区大小。 除非您收到错误，否则不要指定此项
消息说让它变大。 默认 16。

您可以在不重新启动 SNAP 的情况下处理多个对齐，并且如果可能，无需重新启动
重新加载索引。 为此，请在命令行上列出所有参数
对于第一个对齐方式，后跟一个逗号（由一个空格与另一个
参数）后跟下一个对齐的参数（包括单个或
配对）。 您可以随心所欲地拥有这些。 如果两个连续对齐使用
相同的索引，它不会被重新加载。 因此，例如，您可以执行 'snap-aligner
单 hg19-20 foo.fq -o foo.sam , 配对 hg19-20 end1.fq end2.fq -o paired.sam' 和它
不会重新加载单个和成对对齐之间的索引。 当指定一个
输入或输出文件，您可以简单地列出文件名，在这种情况下，SNAP 将推断
文件扩展名中的文件类型（例如 .sam 或 .bam），或者您可以明确地
通过在文件名前面加上以下选项之一来指定文件类型

以下类型说明符（区分大小写）：

-fastq

-压缩的Fastq

-山姆

-巴姆

-配对Fastq

-pairedInterleavedFastq

-pairedCompressedInterleavedFastq

因此，例如，您可以指定 -巴姆 input.file 使 SNAP 将 input.file 视为 BAM
文件，即使它通常假设一个 FASTQ 文件用于输入或一个 SAM 文件用于
当它无法识别文件扩展名时输出。 为了使用一个文件名
以“-”开头并且不让 SNAP 将其视为开关，您必须明确指定
类型。 但实际上，这只是令人困惑，你不应该这样做。 输入输出可能
也来自/到标准输入/标准输出。 为此，请使用 - 作为输入或输出文件名，并使用
给出一个明确的类型说明符。 因此，例如， snap-aligner aligner single myIndex
-fastq - -o -山姆 - 从标准输入读取 FASTQ 并将 SAM 写入标准输出。

使用 onworks.net 服务在线使用 snap-aligner-single