这是 velvetoptimiser 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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velvetoptimiser - 自动优化 Velvet do novo 组装参数
概要
天鹅绒优化器 [选项] -f '天鹅绒 输入 线'
商品描述
VelvetOptimiser 是一个多线程 Perl 脚本，用于自动优化三个
Velvet de novo 序列的主要参数选项（K、-exp_cov、-cov_cutoff）
汇编器。
配置
- 帮帮我 这个帮助。
- 版!
将版本打印到标准输出并退出。 （默认为“0”）。
--v|详细+
详细日志记录，包括日志文件中的所有 velvet 输出。 （默认为“0”）。
--s|哈希=我
起始（较低）哈希值（默认为“19”）。
--e|哈希=我
结束（更高）哈希值（默认为“31”）。
- X|步=我
哈希搜索的步骤.. min 2，没有奇数（默认为“2”）。
- F|velvethfiles=s velveth 命令行的文件部分。 （默认为“0”）。
- 一种|莫斯文件！
打开 velvet 的读取跟踪和 amos 文件输出。 （默认为“0”）。
--o|velvetgoptions=s 要通过的额外 velvetg 选项。
例如。 -long_mult_cutoff -最大覆盖范围 等（默认为''）。
--t|线程=我
要运行的同步 velvet 实例的最大数量。 （默认为“4”）。
- G|genomesize=f 要组装的基因组的大致大小（以兆碱基为单位）。
仅用于内存使用估计。 如果未指定，内存使用估计将
不会发生。 如果估计内存使用，则显示结果，然后编程
退出。 （默认为“0”）。
--k|optFuncKmer=s 用于 k-mer 选择的优化函数。 （默认'n50'）。
- C|optFuncCov=s 用于 cov_cutoff 优化的优化函数。 （默认
'磅'）。
--米|minCovCutoff=f 要使用的最小 cov_cutoff。 （默认为“0”）。
--p|前缀=s
输出文件名的前缀，默认为格式中的日期和时间
DD-MM-YYYY-HH-MM_。 （默认为“自动”）。
--d|dir_final=s 将最终输出放入的目录的名称。 （默认 '。'）。
--z|upperCovCutoff=f 考虑为乘数的最大覆盖截止值
预期覆盖。 （默认'0.8'）。
高级！：更改优化功能
Velvet Optimizer 装配优化函数可以从以下变量构建。
LNbp = 大重叠群中 Ns 的总数 Lbp = 碱基对的总数
在大重叠群中 Lcon = 大重叠群的数量 max = 最长的长度
contig n50 = n50 ncon = contig 总数 tbp = 总数
重叠群中的碱基对
例子 是：
'Lbp' = 长于 1kb 的重叠群中的总碱基对 'n50*Lcon' = n50
长重叠群数的倍数。 'n50*Lcon/tbp+log(Lbp)' = n50 乘以
划分的长重叠群的数量
由所有重叠群中的总碱基加上长中碱基数的对数
重叠群。
使用 onworks.net 服务在线使用 velvetoptimiser
