هذا هو الأمر pymvpa2-preproc الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
pymvpa2-preproc - تطبيق خطوات المعالجة المسبقة على مجموعة بيانات PyMVPA
موجز
pymvpa2 بريبروك [--الإصدار] [-h] -i مجموعة البيانات [مجموعة البيانات ...] [- قطع CHUNKS_ATTR] [--يجرد-
الميزات الثابتة] [- ديترند DEG] [- قطع غير مألوفة CHUNKS_ATTR] [- ديتريند-كوردس
COORDS_ATTR] [--detrend-regrs ATTR [ATTR ...]] [- مرشح-نطاق المرور FREQ [FREQ ...]]
[- مرشح-توقف FREQ [FREQ ...]] [--معدل أخذ العينات FREQ] [--تصفية كلمة المرور dB]
[- إيقاف التصفية dB] [--zscore] [- قطع- zscore CHUNKS_ATTR] [--zscore-params
بارام بارام] -o OUTPUT [- ضغط hdf5 النوع]
الوصف
المعالجة المسبقة لمجموعة بيانات PyMVPA.
يمكن لهذا الأمر تطبيق عدد من خطوات المعالجة المسبقة على مجموعة بيانات. مدعوم حاليا
.
1. دي-تريدينج متعدد الحدود
2. التصفية الطيفية
3. ميزة Z-scoring
يتم تطبيق جميع خطوات المعالجة المسبقة بالترتيب أعلاه. إذا كان طلب مختلف مطلوبًا ،
يجب تقسيم المعالجة المسبقة إلى مكالمتين أوامر منفصلتين.
الاتجاهات المتعددة
يمكن استخدام هذا النوع من de-trending للتراجع عن الإشارات العشوائية. بالإضافة إلى
متعدد الحدود لأي درجة من الدورات الزمنية التعسفية المخزنة كسمات نموذجية في مجموعة بيانات
يمكن استخدامها كمنحدرات محيرة. هذه الوظيفة المهينة ، على عكس
تنفيذ الترشيح الطيفي ، الذي ينطبق أيضًا على البيانات ذات العينات المتفرقة باستخدام
يحتمل أن تكون فترات غير منتظمة بين العينات.
التصفية الطيفية
يتم توفير العديد من الخيارات التي يتم استخدامها لبناء بتروورث منخفضة أو عالية أو
مرشح تمرير النطاق. يُنصح بفحص البيانات التي تمت تصفيتها بعناية باعتبارها غير مناسبة
يمكن أن تؤدي إعدادات المرشح إلى آثار جانبية غير مقصودة. فقط مجموعة البيانات ذات العينات الثابتة
معدل معتمد. يجب تقديم معدل أخذ العينات.
OPTIONS
--الإصدار
إظهار إصدار البرنامج ومعلومات الترخيص والخروج
-h, --مساعدة, --مساعدة- np
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج. --مساعدة- np يعطل استخدام جهاز النداء بقوة
لعرض المساعدة.
-i مجموعة البيانات [مجموعة البيانات ...] ، --إدخال مجموعة البيانات [مجموعة البيانات ...]
المسار (المسارات) إلى واحد أو أكثر من ملفات مجموعة بيانات PyMVPA. سيتم دمج جميع مجموعات البيانات في ملف
مجموعة بيانات واحدة (vstack'ed) بترتيب المواصفات. في بعض الحالات قد يكون هذا الخيار
يلزم تحديدها أكثر من مرة إذا كانت مجموعات بيانات الإدخال متعددة ولكن منفصلة
مطلوب.
مشترك الخيارات لـ الكل المعالجة المسبقة:
- قطع CHUNKS_ATTR
خيار الاختصار لتمكين المعالجة العنقودية الموحدة لجميع الملفات ذات الصلة
خطوات المعالجة المسبقة (انظر - قطع- zscore, - قطع غير مألوفة). هذا الإعداد العالمي
يمكن استبدالها من خلال تحديد "القطعة" الفردية المقابلة
خيارات.
--ميزات شريطية ثابتة
بعد الانتهاء من جميع خطوات المعالجة المسبقة ، قم بإزالة جميع الميزات الثابتة من ملف
مجموعة البيانات.
مزيد من الخيارات لـ البيانات تحطيم:
- ديترند DEG
ترتيب متعدد الحدود Legendre لإزالة من البيانات. سيؤدي هذا إلى إزالة كل
متعدد الحدود بما يصل إلى القيمة المقدمة ويتضمنها. على سبيل المثال ، 3 سيزيل 0 ،
الأول ، والثاني ، والثالث متعدد الحدود من البيانات. np.B .: ال 1 كثيرة الحدود هي
تحول خط الأساس ، الأول هو الاتجاه الخطي. إذا قمت بتحديد عدد صحيح واحد وملف
المعلمة "chunks_attr" ليست بلا ، ثم تُستخدم هذه القيمة لكل قطعة. أنت
يمكن أيضًا تحديد قيمة بوليورد مختلفة لكل قطعة من خلال توفير قائمة أو
ndarray لقيم polyord بطول يساوي عدد القطع.
القيود: يجب أن تكون القيمة قابلة للتحويل إلى نوع "int". [الافتراضي: 1]
- قطع غير مألوفة CHUNKS_ATTR
إذا لم يكن هناك شيء ، فسيتم إبطال مجموعة البيانات بأكملها مرة واحدة. خلاف ذلك ، العينات المعطاة
السمة (المعطاة باسمها) لتعريف أجزاء مجموعة البيانات الموجودة
تتم معالجتها بشكل فردي. في هذه الحالة ، يجب أن تكون جميع العينات داخل القطعة
ترتيب متجاور ويجب فرز القطع بالترتيب من الأقل إلى الأعلى --
ما لم توفر مجموعة البيانات معلومات حول تنسيق كل عينة في ملف
المسافة التي يجب أن تكون ممتدة هي كثيرات الحدود (انظر وسيطة `الفضاء`).
القيود: يجب أن تكون القيمة "بلا" ، أو يجب أن تكون القيمة سلسلة. [الافتراضي: لا شيء]
- ديتريند-كوردس COORDS_ATTR
اسم سمة عينات تمت إضافتها إلى مجموعة البيانات المعالجة مسبقًا التي تخزن ملف
إحداثيات كل عينة في الفراغ الممتد بواسطة كثيرات الحدود. إذا كانت السمة
من هذا الاسم موجود بالفعل في مجموعة البيانات يتم تفسير قيمها على أنها عينة
الإحداثيات في الفراغ الممتد بواسطة كثيرات الحدود. يمكن استخدام هذا للحط من الاتجاه
مجموعات البيانات مع تباعد عينات غير منتظم.
--detrend-regrs أتر [أتر ...]
قائمة بأسماء نماذج السمات التي يجب استخدامها كعوامل ارتداد إضافية. ان
سيكون استخدام المثال للتراجع عن معلمات الحركة. القيود: يجب أن تكون القيمة
"لا شيء" ، أو يجب أن تكون القيمة قابلة للتحويل إلى قائمة (str). [الافتراضي: لا شيء]
مزيد من الخيارات لـ طيفي الفلتره:
- مرشح-نطاق المرور التكرار [التكرار ...]
الترددات الحرجة لنطاق تمرير مرشح Butterworth. تحتاج الترددات الحرجة
لمطابقة وحدة معدل أخذ العينات المحدد (انظر: --معدل أخذ العينات). في حالة
يجب تحديد قاطعات التردد المنخفضة والعالية لمرشح تمرير النطاق (في هذا
طلب). بالنسبة لمرشحات التمرير المنخفض والعالي ، يجب توفير تردد قطع واحد.
يتم تحديد نوع المرشح (تمرير منخفض / مرتفع) من العلاقة مع نطاق التوقف
تكرار (- مرشح-توقف).
- مرشح-توقف التكرار [التكرار ...]
الإعداد التناظري ل - مرشح-نطاق المرور لتحديد نطاق توقف المرشح.
--معدل أخذ العينات FREQ
معدل أخذ العينات لمجموعة البيانات. يجب أن تتطابق جميع مواصفات التردد مع الوحدة
من معدل أخذ العينات.
--تصفية كلمة المرور dB
أقصى خسارة في نطاق المرور (ديسيبل). الافتراضي: 1 ديسيبل
- إيقاف التصفية dB
الحد الأدنى من التوهين في نطاق التوقف (ديسيبل). الافتراضي: 30 ديسيبل
مزيد من الخيارات لـ البيانات تطبيع:
--zscore
أداء ميزة التطبيع عن طريق Z-scoring.
- قطع- zscore CHUNKS_ATTR
اسم سمة عينة مجموعة البيانات التي تحدد أجزاء العينات التي يجب أن تكون
سجل Z بشكل مستقل. بشكل افتراضي ، لا يتم إجراء تسوية جزئية.
--zscore-params بارام بارام
تحديد مجموعة معلمات ثابتة (متوسط ، الأمراض المنقولة جنسياً) لتسجيل النقاط Z ، بدلاً من الحوسبة من
البيانات الفعلية.
الناتج الخيارات:
-o انتاج، --انتاج OUTPUT
اسم ملف الإخراج (يتم إضافة امتداد ".hdf5" تلقائيًا إذا لزم الأمر). لاحظ ال
تنسيق الإخراج مناسب لتبادل البيانات بين أوامر PyMVPA ، لكنه ليس كذلك
موصى به للتخزين طويل الأجل أو التبادل حيث قد يختلف محتواه المحدد
حسب بيئة البرنامج الفعلية. للتخزين طويل الأجل ضع في الاعتبار
التحويل إلى تنسيقات بيانات أخرى (انظر أمر "التفريغ").
- ضغط hdf5 النوع
نوع الضغط لتخزين HDF5. تعتمد القيم المتاحة على HDF5 المحدد
تثبيت. القيم النموذجية هي: "gzip" أو "lzf" أو "szip" أو الأعداد الصحيحة من 1 إلى 9
تشير إلى مستويات ضغط gzip.
أمثلة
تطبيع جميع الميزات في مجموعة البيانات عن طريق تسجيل Z.
$ pymvpa2 preproc --zscore -o ds_preprocessed -i dataset.hdf5
قم بإجراء Z-scoring و quadratic detrending لجميع الميزات ، لكن قم بمعالجة جميع العينات
مشاركة قيمة فريدة لسمة عينة "القطع" بشكل فردي
$ pymvpa2 preproc - قطع "القطع" - poly-detrend 2 --zscore -o ds_pp2 -i ds.hdf5
استخدم pymvpa2-preproc عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
