Dies ist der Befehl maskseqe, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
maskseq - Schreiben Sie eine Sequenz mit maskierten Regionen
ZUSAMMENFASSUNG
maskseq -Reihenfolge Reihenfolge -Regionen Angebot [-zu senken Umschalten] -maskchar Schnur
-seq Fortsetzung
maskseq -Hilfe
BESCHREIBUNG
maskseq ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Bearbeiten".
OPTIONAL
zufuhr Abschnitt
-Reihenfolge Reihenfolge
Erforderlich Abschnitt
-Regionen Angebot
Zu maskierende Regionen. Ein Satz von Regionen wird durch einen Satz von Positionspaaren spezifiziert. Die
Positionen sind ganze Zahlen. Sie werden durch ein beliebiges Nicht-Ziffer-, Nicht-Alpha-Zeichen getrennt.
Beispiele für Regionsspezifikationen sind: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
Zusätzliche Abschnitt
-zu senken Umschalten
Die Region kann "maskiert" werden, indem die Sequenzzeichen in Kleinbuchstaben umgewandelt werden, einige
Nicht-EMBOSS-Programme wie zB fasta können dies als maskierten Bereich interpretieren. Die Reihenfolge ist
bis auf die Falländerung unverändert. Vielleicht möchten Sie sicherstellen, dass die gesamte Sequenz
ist in Großbuchstaben, bevor die angegebenen Regionen mit dem in Kleinbuchstaben maskiert werden
'-Abendessen' Flagge. Standardwert: N
-maskchar Schnur
Zeichen, das beim Maskieren verwendet werden soll. Standard ist 'X' für Proteinsequenzen, 'N' für Nukleinsäuren
Sequenzen. Wenn das Maskenzeichen als Leerzeichen oder als Nullzeichen festgelegt ist,
dann wird die Sequenz 'maskiert', indem sie in Kleinbuchstaben geändert wird, genau wie bei der
'-Kleinbuchstaben'-Flag. Standardwert: @($(acdprotein)?X:N)
Output Abschnitt
-seq Fortsetzung
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