Este es el comando bp_classify_hits_kingdomp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bp_classify_hits_kingdom - clasifica los hits de BLAST por reino taxonómico
USO
bp_classify_hits_kingdom [-i archivo_pestaña] [-i segundo_archivo_BLAST] [-e valor_corte]
[-t dir_donde_TAXONOMY_files_are] [-g gi2taxid]
[-z RUTA_A_zcat] [-v]
DESCRIPCIÓN
Imprimirá la distribución taxonómica (a nivel de reino) para un conjunto de aciertos contra
la base de datos NR. De forma predeterminada, esta secuencia de comandos asume que realizó una búsqueda contra la proteína
base de datos (archivo gi_taxid_nuc.dump).
Esto espera archivos BLAST en formato con pestañas -m9 o -m8. Salida con -m 8 o uso
blast2table.pl para convertir (o fastam9_to_table.PLS si usa FASTA).
Valores de entrada:
-t / - Directorio de taxonomía donde están los archivos .dmp de taxonomía (de NCBI)
-g / - gi Ruta del archivo gi2taxid (gi_taxid_prot.dmp para proteínas
o gi_taxid_nucl.dmp si la búsqueda fue en una base de datos de nucleidos)
-i / - en El nombre de los archivos de salida delimitados por tabulaciones -m8 / -m9 para procesar
-e / - evalue Proporciona un límite de valor E para que se consideren los hits
-z / - zcat Ruta al ejecutable 'zcat', también puede ser 'gunzip -c'
si no hay zcat en su sistema.
Banderas
-v / - verbose Para activar mensajes detallados
-h / - ayuda Muestra esta información útil
Esto está destinado a ser un script de inicio útil, pero los usuarios pueden querer personalizar la salida
y parámetros. Tenga en cuenta que estoy resumiendo los reinos aquí y Eukaryota no cae
en Metazoa, Viridiplantae o Fungi se agrupa en el superreino general Eukaryota
por simplicidad. Hay comentarios en el código que lo dirigen a dónde se pueden realizar cambios
si desea mostrar hits por phylum, por ejemplo. Tenga en cuenta que debe borrar el
archivo de caché 'gi2class' que se crea en su directorio después de realizar estos cambios.
AUTOR
Jason Stajich jason_at_bioperl_dot_org
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