این دستور micro_razers است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
میکرو ریزر
خلاصه
میکرو_ریزر [OPTIONS]
شرح
MicroRazerS از یک استراتژی نگاشت مبتنی بر پیشوند برای نقشه برداری از RNA های کوچک احتمالاً استفاده می کند.
حاوی دنباله آداپتور 3.
(ج) حق چاپ 2009 توسط Anne-Katrin Emde.
-h, --کمک
این پیام راهنما را نمایش می دهد.
- نسخه
نمایش اطلاعات نسخه
گزینه های اصلی::
-o, -- خروجی فایل
نام فایل خروجی را تغییر دهید پیش فرض: .نتیجه
-rr, - نرخ شناسایی NUM
نرخ تشخیص درصد را در محدوده [80..100] تنظیم کنید. پیش فرض: 100.
-sL, --طول بذر NUM
طول بذر در محدوده [10..inf]. پیش فرض: 16.
-sE, --seed-error
اجازه یک خطا در دانه را بدهید
-f, --رو به جلو
نقشه فقط برای رشته های رو به جلو خوانده می شود.
-r, --معکوس
نقشه فقط برای معکوس کردن رشته ها می خواند.
-mN, --match-N
"N" با همه شخصیت های دیگر مطابقت دارد
-m, -- حداکثر ضربه NUM
خروجی فقط NUM از بهترین بازدیدها در محدوده [1..inf]. پیش فرض: 100.
-پا, -- پاکسازی - مبهم
پاکسازی با بیش از حداکثر تعداد بهترین مسابقات خوانده می شود
-lm, --حافظه کم
کاهش استفاده از حافظه به قیمت زمان اجرا
-v, -- پرحرف
حالت پرحرف
-vv, --vverbose
حالت بسیار پرمخاطب
گزینه های فرمت خروجی::
-از, --فرمت خروجی NUM
تنظیم فرمت خروجی 0 = فرمت MicroRazerS، 1 = SAM. در محدوده [0..1].
-a, --هم ترازی
تراز را برای هر مسابقه تخلیه کنید
-gn, --نامگذاری ژنوم NUM
نحوه نامگذاری ژنوم ها را انتخاب کنید. 0 = استفاده از Fasta id، 1 = شمارش با 1. In
محدوده [0..1]. پیش فرض: 0.
-rn, --خواندن-نامگذاری NUM
نحوه نام گذاری خوانده ها را انتخاب کنید. 0 = استفاده از Fasta id، 1 = شمارش با 1. In
محدوده [0..1]. پیش فرض: 0.
-بنابراین, -- مرتب سازی NUM
نحوه مرتب شدن مسابقات را انتخاب کنید. 0 = عدد خوانده شده، 1 = موقعیت ژنوم. در محدوده
[0..1]. پیش فرض: 0.
-pf, ---قالب موقعیت NUM
شماره گذاری موقعیت شروع/پایان را انتخاب کنید (به بخش مختصات در زیر مراجعه کنید). 0 = فضای شکاف،
1 = فضای موقعیت در محدوده [0..1]. پیش فرض: 0.
نسخه
نسخه micro_razers: 1.0.1 آخرین به روز رسانی جولای 2009
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از micro_razers استفاده کنید
