mincstats - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

mincstats - minc ファイルのボクセル全体の単純な統計を計算する

SYNOPSIS

mincstats [ ] .mnc

DESCRIPTION

ミンク統計 minc ファイルのすべてのボクセルにわたって単純な統計的尺度を計算します。
これらはグローバルな統計的測定であり、ボクセルごとの測定ではないことに注意してください (
最小平均 そのために）。 デフォルトでは、すべての統計が計算されます。 統計があれば
コマンドライン オプションで要求された場合、要求された統計のみが出力されます。

このプログラムの非常に便利な機能は、ボクセルのセットを制限する機能です。
含まれる値の範囲を制限することにより、統計計算に含まれます。
または、範囲が制限されたマスク ファイルを使用します。 入力ファイルの複数の範囲または
マスクファイルを指定できます。 含まれるボリューム値の範囲ごと、および範囲ごと
マスク値のうち、関連する統計が出力されます (n*m 値、n は数値)
ボリューム範囲の数と m マスク範囲の数)。 これらの計算は XNUMX 回で行われます。
データを通過させるため、複数の範囲を指定すると、
プログラムを繰り返します。 これは、多くの地域平均を計算するときに非常に役立ちます。
VOI マスク ボリューム。

ヒストグラムおよび関連する統計的尺度については、特に言及する必要があります。 の
ヒストグラムのデフォルトの範囲は、ファイル内の最小値から最大値までです。 の
ヒストグラム ビンの数が
ファイル内の可能な値の数 (たとえば、全範囲バイト データの場合は 256 ビン)、
デフォルトのヒストグラム範囲を使用すると、ヒストグラムにいくつかの奇妙な特徴が生じる可能性があります。 これ
データの離散化から発生し、その後わずかに再ビン化されます
ヒストグラムの不一致。 バイトデータの例では、使用すべき値は 256 です。
ビンと、最小値より下のビンの半分とビンの半分を拡張するヒストグラム範囲
一番上。 オプションを使用 -discrete_histogram これを自動的に解決するか、使用します
-integer_histogram 入力データが本質的に整数である場合、単位幅のビンを持つ
(例: ラベル データ)。 一般に、離散化されたデータのリビニングには注意が必要です。
データを、離散化のレベルに近いビン サイズのヒストグラムに変換します。

OPTIONS

オプションは（一意である限り）省略形で指定できることに注意してください。
コマンドラインのどこにでも指定できます。 統計が出力される順序
に関係なく、またはそれらが要求された順序で常に同じになります。
コマンドライン

オプション

-クロバー
既存のファイルを上書きします。

-ノクロバー
既存のファイルを上書きしません (デフォルト)。

-詳細
追加情報を出力します (デフォルトよりも多く)。

-静かな 要求された番号のみを印刷する

-max_buffer_size_in_kb サイズ
内部バッファの最大サイズをキロバイト単位で指定します。 デフォルトは4MBです。

「無効」 値 オプション

-ignore_nan
統計計算から無効な値 (有効な範囲外) を除外します。 これは
デフォルト。

-include_nan
無効な値をゼロとして扱い、統計計算に含めます。

-replace_nan 値
無効な値を指定された値に置き換え、新しい値を
統計計算。

音量 範囲 オプション

-床 min1,min2、...
統計に含めるデータ範囲の下限のカンマ区切りリスト
計算。

-天井 max1,max2、...
統計に含めるデータ範囲の上限のカンマ区切りリスト
計算。

-範囲 min1,max1,min2,max2、...
含めるデータ範囲の下限と上限のコンマ区切りリスト
統計計算。

-ビン値 val1,val2、...
統計計算に含める整数値のカンマ区切りリスト。 範囲
+/- 0.5 の範囲が、指定された各値の周囲に定義されます。

-マスク ファイル名.mnc
統計計算に含まれるデータをマスキングするために使用されるファイルの名前。 為に
これを有効にするには、次のいずれかでマスク範囲を指定する必要があります
オプション。

-マスクフロア min1,min2、...:
いいね -床、ただし、マスク ファイルに適用されます。

-mask_ceil max1,max2、...
いいね -天井、ただし、マスク ファイルに適用されます。

-マスク範囲 min1,max1,min2,max2、...
いいね -範囲、ただし、マスク ファイルに適用されます。

-mask_binvalue val1,val2、...
いいね -ビン値、ただし、マスク ファイルに適用されます。

ヒストグラム オプション

-ヒストグラム ファイル名
ヒストグラムが書き込まれるファイルの名前を指定します。 複数の範囲の場合
またはマスク範囲が指定されている場合、すべてのヒストグラムがこのファイルに書き込まれます。
空行で区切られています。 各ヒストグラムを説明する情報は前に書かれています
ハッシュ (ポンド) 文字で始まる行に表示されます。 これらのファイルをロードできます
gnuplot に。

-hist_bins ビン数
ヒストグラムのビン数を指定します。

-ビン ビン数
の同義語 -hist_bins.

-hist_floor 分
ヒストグラムの下限を指定します。

-hist_ceil マックス
ヒストグラムの上限を指定します。

-hist_range 分 マックス
ヒストグラムの範囲を指定する

-integer_histogram
整数値を中心とした単位幅のビンを作成します。 これは便利です
ラベルなどの整数データ。 ヒストグラムの範囲は、最も近い整数に丸められます。
次に、最小値を下げ、最大値を 0.5 上げます。 ビンの数が取得されます
これら 0.01 つの値の差として。 XNUMX が最小値に追加され、
を確実にするために、丸め前の最大値から差し引かれます。
正しく指定された範囲 ([0.5,255.5] など) が保持されます。 あなたがしたい場合
XNUMX よりも広い整数ビンの場合、ヒストグラムの範囲を計算する必要があります
このオプションは使用しないでください。

-discrete_histogram
ヒストグラムを入力データの離散化に一致させようとします。 これは
整数表現で保存される連続データに適しています。
離散化に近いビン幅が必要な場合。 これは似ています
-integer_histogramただし、ヒストグラムの範囲は最初にボクセルに変換されます
値は、両側でビンの半分だけ丸められて拡張されます。 この新しいボクセル
その後、範囲は実際の値に変換されます。 ビンの数は
ボクセル値の範囲の違い。 これはバリエーションを考慮していないことに注意してください
スライスごとのスケーリングでは、奇妙なヒストグラム効果が依然として発生する可能性があります。 このオプションは
の動作と同様の動作を与えることを目的としています ボリューム統計.

-int_max_bins ビン数
上記で自動的にサイズ変更できる最大のヒストグラムを指定します
オプション。 この制限により、巨大なヒストグラムが誤って作成されるのを防ぎます。 このオプション
古いものを交換した -max_bins MINC 1.1 のオプション。

Basic 統計

-すべて すべての統計的尺度を計算します。 これがデフォルトです。

-なし の同義語 -カウント (volume_stats との類似性のため)。 これは
の為に必要です ボリューム統計、これらのいずれかを指定するため、ここでは必要ありません
オプションは自動的にオフになります -すべて

-カウント 範囲とマスク内にあるボクセルの数をカウントします。

-パーセント
範囲とマスク内のボクセルの割合を出力します

-音量
範囲内のボクセルのボリュームとマスク (mm キューブ) を出力します。

-分 最小値を出力します。

-最大 最大値を出力します。

-和 すべての値の合計を出力します。

-sum2 すべての値の平方和を出力します。

-平均 平均を出力します。

-分散
差異を出力します。

-stddev
標準偏差を出力します。

-歪度
サンプルの歪み (3 次モーメント) を出力します。

-尖度
サンプル尖度 (第 4 モーメント) を出力します。

-CoM 重心を出力します。 ボクセル座標とワールド座標はどちらも
印刷されます。 ボクセル座標はファイル順に印刷されますが、ワールドは
座標は x、y、z の順に出力されます。

-com の同義語 -CoM.

-world_only
ワールド座標のみで重心を出力します。

ヒストグラム 統計

ヒストグラムの統計は、ヒストグラムのカウントとビンのみから導出されることに注意してください。
そのため、中央値などの結果は、
すべて含まれているボクセル。 たとえば、中央値の誤差はビンの半分ほど大きくなる可能性があります
幅。 さらに、ヒストグラムの範囲が含まれるボクセルの範囲よりも小さい場合、
結果は、ヒストグラムに含まれるボクセルにのみ適用されます。

-hist_count
ヒストグラムのボクセル数を出力します。 枚数とは異なる場合がございます。
ヒストグラムの範囲が
含まれるデータ。

-hist_percent
ヒストグラムに含まれるボクセルの割合を出力します。

-中央値
ヒストグラムの中央値を出力します。

-多数
カウントが最も多いビンのビンの中心 (強度値) を出力します。

-biModalT
ボリュームを XNUMX つのクラスに分けるバイモーダルしきい値を出力します。デフォルトは
otsu メソッドを使用する (以下のオプションを参照)

-おつ Otsu N「グレーレベルからの閾値選択法」に記載されている方法を使用する
ヒストグラム」、IEEE Trans on Systems、Man and Cyber​​netics. 1979、9:1; 62-66 ～
しきい値を計算する

-キトラー
Kittler&Illingworth '86 アルゴリズムを使用して、バイモーダルしきい値を計算します。
Kittler、J. & Illingworth J.、「最小エラーしきい値」、パターン認識、
vol 19、pp 41-47、1986。

-カプール カプールらを使用します。 バイモーダルしきい値を計算する '85 アルゴリズム。 カプール、
Sahoo & Wong 「
ヒストグラム」、コンピューター ビジョン、グラフィックス、および画像処理、vol 29、pp
273-285、1985。

-シンプル
シンプルな平均値アルゴリズムを使用してバイモーダルしきい値を計算します。
一部の代替手段よりも計算コストが高く、
よくやった。 しかし、他のいくつかの方法よりも堅牢なようです。

-pctT ヒストグラムの特定のクリティカル パーセンテージに必要なしきい値を出力します。

-エントロピ
シャノン エントロピーを出力します。

H(x) = - Sum(P(i) * log2(P(i))

ここで、P(i) はビン確率です

ジェネリック オプション for を

-助けて コマンドラインオプションの概要を出力して終了します。

-バージョン
プログラムのバージョン番号を出力して終了します。

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