Ini ialah command maskseqe yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
maskseq - Tulis urutan dengan kawasan bertopeng
SINOPSIS
maskseq -urutan turutan -wilayah pelbagai [-untuk rendahkan togol] -maskchar rentetan
-outseq seqout
maskseq -membantu
DESCRIPTION
maskseq ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Edit".
PILIHAN
Input seksyen
-urutan turutan
diperlukan seksyen
-wilayah pelbagai
Kawasan untuk bertopeng. Satu set wilayah ditentukan oleh satu set pasangan kedudukan. The
kedudukan adalah integer. Mereka dipisahkan oleh mana-mana aksara bukan digit, bukan alfa.
Contoh spesifikasi wilayah ialah: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
Tambahan seksyen
-untuk rendahkan togol
Rantau ini boleh 'bertopeng' dengan menukar aksara jujukan kepada huruf kecil, beberapa
program bukan EMBOSS contohnya fasta boleh mentafsir ini sebagai kawasan bertopeng. Urutannya ialah
tidak berubah selain daripada perubahan kes. Anda mungkin ingin memastikan bahawa keseluruhan urutan
adalah dalam huruf besar sebelum menutup kawasan yang ditentukan kepada huruf kecil dengan menggunakan
bendera '-makan malam'. Nilai lalai: N
-maskchar rentetan
Watak untuk digunakan semasa bertopeng. Lalai ialah 'X' untuk jujukan protein, 'N' untuk nukleik
urutan. Jika aksara topeng ditetapkan kepada aksara SPACE atau aksara nol,
maka urutan itu 'bertopeng' dengan menukarnya kepada huruf kecil, sama seperti dengan
bendera '-huruf kecil'. Nilai lalai: @($(acdprotein)?X:N)
Output seksyen
-outseq seqout
Gunakan maskseqe dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
