Dit is de opdracht bp_classify_hits_kingdomp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bp_classify_hits_kingdom - classificeer BLAST-hits per taxonomisch koninkrijk
GEBRUIK
bp_classify_hits_kingdom [-i tabbestand] [-i tweede_BLAST_bestand] [-e evalue_cutoff]
[-t dir_where_TAXONOMY_files_are] [-g gi2taxid]
[-z PATH_TO_zcat] [-v]
PRODUCTBESCHRIJVING
Zal de taxonomische verdeling (op koninkrijksniveau) afdrukken voor een reeks treffers tegen
de NR-databank. Standaard gaat dit script ervan uit dat u een zoekopdracht op het eiwit hebt uitgevoerd
database (gi_taxid_nuc.dump-bestand).
Dit verwacht BLAST-bestanden in de indeling -m9 of -m8 met tabbladen. Uitvoer met -m 8 of gebruik
blast2table.pl om te converteren (of fastam9_to_table.PLS als FASTA wordt gebruikt).
Invoerwaarden:
-t/--taxonomie Directory waar de taxonomie .dmp-bestanden zich bevinden (van NCBI)
-g/--gi Bestandspad van het gi2taxid-bestand (gi_taxid_prot.dmp voor eiwitten
of gi_taxid_nucl.dmp als de zoekopdracht tegen een nucleïdendatabase was)
-i/--in De naam van de door tabs gescheiden uitvoerbestanden -m8/-m9 die moeten worden verwerkt
-e/--evalue Geef een E-waardegrens op voor treffers waarmee rekening moet worden gehouden
-z/--zcat Pad naar het uitvoerbare bestand 'zcat', kan ook 'gunzip -c' zijn
als er geen zcat op uw systeem aanwezig is.
vlaggen:
-v/--verbose Om uitgebreide berichten in te schakelen
-h/--help Geef deze nuttige informatie weer
Dit is bedoeld als nuttig startscript, maar gebruikers willen mogelijk de uitvoer aanpassen
en parameters. Merk op dat ik hier de koninkrijken samenvat en dat Eukaryota niet valt
in Metazoa, Viridiplantae of Fungi wordt gegroepeerd in het algemene superkoninkrijk Eukaryota
voor eenvoud. Er zijn opmerkingen in de code die u verwijzen naar waar wijzigingen kunnen worden aangebracht
als u bijvoorbeeld hits per phylum wilt weergeven. Houd er rekening mee dat u de
cachebestand 'gi2class' dat in uw directory wordt aangemaakt nadat u deze wijzigingen heeft aangebracht.
AUTEUR
Jason Stajich jason_at_bioperl_dot_org
Gebruik bp_classify_hits_kingdomp online met behulp van onworks.net-services
