gmt-music-clinical-correlationp - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

korelacja kliniczna gmt music - koreluje cechy fenotypowe ze zmutowanymi genami lub
wobec poszczególnych wariantów

WERSJA

W tym dokumencie opisano korelację kliniczną gmt music w wersji 0.04 (2016 o godz.
23:10:19)

STRESZCZENIE

korelacja kliniczna muzyki gmt --bam-list=? --plik-wyjściowy=? [--maf-file=?]
[--glm-clinical-data-file=?] [--use-maf-in-glm] [--skip-non-coding] [--skip-cichy]
[--plik-macierzy-korelacji-klinicznej=?] [--plik macierzy-korelacji-klinicznej-wejściowej=?]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?] [--numerical-data-metoda-testu=?]
[--kategoryczny-plik-danych-klinicznych=?] [--glm-plik-modelu=?]

... muzyczna korelacja kliniczna \
--bam-list /ścieżka/myBamList.tsv \
--maf-file /ścieżka/myMAF.tsv \
--numeryczny-plik-danych-klinicznych /ścieżka/myNumericData.tsv \
--genetyczny-typ danych 'gen' \
--plik-wyjściowy /ścieżka/plik_wyjściowy

... muzyczna korelacja kliniczna \
--maf-file /ścieżka/myMAF.tsv \
--bam-list /ścieżka/myBamList.tsv \
--numeryczny-plik-danych-klinicznych /ścieżka/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /ścieżka/myClassData.tsv \
--genetyczny-typ danych 'gen' \
--plik-wyjściowy /ścieżka/plik_wyjściowy

... muzyczna korelacja kliniczna \
--maf-file /ścieżka/myMAF.tsv \
--bam-list /ścieżka/myBamList.tsv \
--plik-wyjściowy /ścieżka/plik_wyjściowy \
--glm-model-file /ścieżka/model.tsv \
--glm-clinical-data-file /ścieżka/glm_clinical_data.tsv \
--use-maf-in-glm

WYMAGANE ARGUMENTY

bam-lista Tekst
Rozdzielana tabulatorami lista plików BAM [nazwa próbki, normal_bam, guz_bam] (patrz opis)

plik wyjściowy Tekst
Wyniki narzędzia korelacji klinicznej. Zostanie dodany sufiks dla typu danych

OPCJA ARGUMENTY

plik maf Tekst
Lista mutacji przy użyciu specyfikacji TCGA MAF v2.3

plik-danych-klinicznych-glm Tekst
Cechy kliniczne, profile mutacji, inne mieszane dane kliniczne (patrz OPIS)

Użyj-maf-w-glm Boolean
Utwórz macierz wariantów z pliku MAF jako wariant danych wejściowych do analizy GLM.

Wartość domyślna „false” (--nouse-maf-in-glm), jeśli nie została określona

nouse-maf-in-glm Boolean
Ustaw use-maf-in-glm jako „false”

pomiń brak kodowania Boolean
Pomiń niekodujące mutacje z dostarczonego pliku MAF

Wartość domyślna „prawda”, jeśli nie została określona

noskip-nie kodujący Boolean
Ustaw pomijanie niekodowania jako „fałsz”

pomiń-cichy Boolean
Pomiń ciche mutacje z dostarczonego pliku MAF

Wartość domyślna „prawda”, jeśli nie została określona

noskip-cichy Boolean
Ustaw pomijanie ciszy jako „fałsz”

plik-matrycy-klinicznej-korelacji Tekst
Określ plik do przechowywania macierzy próbka vs-gen utworzonej podczas obliczeń

wejściowy plik macierzy korelacji-klinicznej Tekst
Zamiast tworzyć to z MAF, wprowadź macierz próbka kontra gen dla
Obliczenia

genetyczny-typ danych Tekst
Skoreluj dane kliniczne z danymi na poziomie „genu” lub „wariantu”

Wartość domyślna „gen”, jeśli nie została określona

numeryczny-kliniczny-plik danych Tekst
Tabela próbek (y) a numeryczna kategoria danych klinicznych (x)

metoda-testowania-danych-liczbowych Tekst
Albo „cor” dla korelacji Pearsona, albo „wilcox” dla testu sumy rang Wilcoxona dla
numeryczne dane kliniczne

Wartość domyślna „cor”, jeśli nie została określona

plik-danych-kategorii-klinicznych Tekst
Tabela próbek (y) a kategoryczna kategoria danych klinicznych (x)

glm-model-plik Tekst
Plik określający typ modelu, zmienną odpowiedzi, kowarianty itp. dla GLM
analiza. (Zobacz opis)

OPIS

To polecenie dotyczy cech klinicznych i danych dotyczących mutacji. Każdy może wykonać
analiza korelacji między mutacjami zarejestrowanymi w MAF a określonym fenotypem
cech zarejestrowanych w plikach danych klinicznych dla tych samych próbek lub można przeprowadzić uogólnienie
analiza modelu liniowego (GLM) na tych samych typach danych.

Pliki danych klinicznych do celów korelacji muszą być rozdzielone na numeryczne i kategoryczne
danych i muszą być zgodne z następującymi konwencjami:

· Wymagane są nagłówki

· Każdy plik musi zawierać co najmniej 1 kolumnę sample_id i 1 kolumnę atrybutu, z rozszerzeniem
format to [identyfikator_próbki kliniczne_data_attribute_1 kliniczne_data_attribute_2 ...]

· Identyfikator próbki musi być zgodny z identyfikatorem próbki wymienionym w MAF w sekcji „Tumor_Sample_Barcode”
za powiązanie mutacji tej próbki.

Zwróć uwagę na znaczenie nagłówków: nagłówek dla każdego atrybutu danych klinicznych będzie
pojawiają się w pliku wyjściowym, aby wskazać relacje z danymi mutacji z MAF.

Wewnętrznie dane wejściowe są wprowadzane do skryptu R, który oblicza reprezentującą wartość P
prawdopodobieństwo, że zaobserwowana korelacja między mutacjami w każdym genie (lub wariancie)
a każda cecha fenotypu jest losowa. Niższe wartości P wskazują na niższą losowość lub prawdopodobieństwo
prawdziwe korelacje.

Wyniki są zapisywane w pliku wyjściowym o podanej nazwie z dołączonym sufiksem; ".numeryczny.csv"
zostanie dołączony w przypadku wyników uzyskanych z liczbowych danych klinicznych, a „.categorical.csv”
zostaną dołączone dla wyników uzyskanych z kategorycznych danych klinicznych. Również „.glm.csv” będzie
zostać dołączony do nazwy pliku wyjściowego dla wyników GLM.

Analiza GLM akceptuje mieszany numeryczny i kategoryczny plik danych klinicznych, wprowadzany za pomocą
parametr --glm-clinical-data-file. Dane kliniczne GLM muszą być zgodne z opisanymi formatami
powyżej dla plików danych klinicznych korelacji. GLM wymaga również od użytkownika wprowadzenia a
--glm-plik-modelu. Ten plik wymaga określonych nagłówków i określa, jaka ma być analiza
wykonane dość dokładnie. Oto konwencje wymagane dla tego pliku:

· Kolumny należy zamówić jako takie:

· [typ_analizy nazwa_danych_klinicznych_cechy_wariant/nazwa_genu zmienna towarzysząca notatka]

· Kolumna „typ analizy” musi zawierać „Q”, wskazujące na cechę ilościową, lub
„B”, wskazujące na cechę binarną, zostanie zbadane.

· „Clinical_data_trait_name” to nazwa cechy danych klinicznych zdefiniowana jako a
nagłówek w pliku --glm-clinical-data-file.

· „wariant/nazwa_genu” może być nazwą jednej lub więcej kolumn z
--glm-clinical-data-file lub nazwa jednej lub więcej zmutowanych nazw genów z MAF,
oddzielone znakiem „|”. Jeśli ta kolumna pozostanie pusta lub zamiast tego zawiera „NA”, wówczas każda
kolumna z macierzy mutacji wariantów (--use-maf-in-glm) lub alternatywnie z
--glm-clinical-data-file jest używany kolejno jako kolumna wariantów w niezależnych
ćwiczenie.

· „kowarianty” to nazwy jednej lub więcej kolumn z pliku --glm-clinical-data-file,
oddzielone znakiem „+”.

· „notatka” to każda notatka uznana za przydatną dla użytkownika. Zostanie on wydrukowany w danych wyjściowych
plik w celach informacyjnych.

Analiza GLM może być przeprowadzona wyłącznie przy użyciu danych wprowadzonych do pliku --glm-clinical-data-file,
jak opisano powyżej, lub alternatywnie, dane mutacyjne z MAF mogą być włączone jako
warianty w analizie GLM, jak również opisano powyżej. Użyj flagi --use-maf-in-glm, aby
zawierać macierz mutacji pochodzącą z maf jako dane wariantu.

Należy zauważyć, że wszystkie pliki wejściowe do analizy korelacji i GLM muszą być oddzielone tabulatorami.

ARGUMENTY

--bam-lista
Dostarcz plik zawierający nazwy próbek i lokalizacje BAM normalnego/guza dla każdego z nich. Posługiwać się
format rozdzielany tabulatorami [nazwa_próbki normalny_bam guz_bam] na wiersz. Tylko to narzędzie
potrzebuje sample_name, aby wszystkie inne kolumny można było pominąć. Przykładowa nazwa musi być
takie same jak nazwy próbek guzów użyte w pliku MAF (16. kolumna, z nagłówkiem)
Guz_Próbka_Kod kreskowy).

Skorzystaj z gmt-music-clinical-correlationp online, korzystając z usług onworks.net