Este é o comando gmx-distance que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-distance - Calcular distâncias entre pares de posições
SINOPSE
distância gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-tudo [<.xvg>]] [-oxiz [<.xvg>]]
[-Oh [<.xvg>]] [-oallstat [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-você ] [-xvg ]
[- [não] rmpbc] [- [não] pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-seltype ] [-selecionar ] [-len ]
[-para mim ] [-binw ]
DESCRIÇÃO
gmx distância calcula distâncias entre pares de posições em função do tempo. Cada
a seleção especifica um conjunto independente de distâncias a serem calculadas. Cada seleção deve
consistem em pares de posições, e as distâncias são calculadas entre as posições 1-2, 3-4,
etc.
-oav escreve a distância média em função do tempo para cada seleção. -tudo escreve
todas as distâncias individuais. -oxiz faz o mesmo, mas os componentes x, y e z do
distância são escritos em vez da norma. -Oh escreve um histograma das distâncias para
cada seleção. A localização do histograma é definida com -len e -para mim. A largura da bandeja está definida
com -binw. -oallstat escreve a média e o desvio padrão para cada indivíduo
distância, calculada sobre os quadros.
Observe que gmx distância calcula distâncias entre pares fixos (1-2, 3-4, etc.) dentro de um
seleção única. Para calcular distâncias entre duas seleções, incluindo mínimo,
distâncias máximas e em pares, use gmx pairdista.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trajetória de entrada ou configuração única: xtc tr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estrutura de entrada: tpr gro g96 pdb quebrar ent
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Grupos de índice extra
Opções para especificar arquivos de saída:
-oav [<.xvg>] (dista.xvg) (Opcional)
Distâncias médias em função do tempo
-tudo [<.xvg>] (dist.xvg) (Opcional)
Todas as distâncias em função do tempo
-oxiz [<.xvg>] (distxyz.xvg) (Opcional)
Componentes de distância em função do tempo
-Oh [<.xvg>] (distist.xvg) (Opcional)
Histograma das distâncias
-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) (Opcional)
Estatísticas para distâncias individuais
Outras opções:
-b (0).
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória
-e (0).
Último quadro (ps) para ler a trajetória
-DT (0).
Use apenas o quadro se t MOD dt == primeira vez (ps)
-você (ps)
Unidade para valores de tempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgraça)
Formatação do gráfico: nenhum, xmgrace, xmgr
- [não] rmpbc (sim)
Faça moléculas inteiras para cada quadro
- [não] pbc (sim)
Use condições de limite periódicas para cálculo de distância
-sf
Fornece seleções de arquivos
-selrpos (átomo)
Posições de referência de seleção: átomo, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
inteiros_res_com, inteiros_res_cog, inteiros_mol_com, inteiros_mol_cog, part_res_com,
parte_res_cog, parte_mol_com, parte_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-seltype (átomo)
Posições de saída de seleção padrão: átomo, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
inteiros_res_com, inteiros_res_cog, inteiros_mol_com, inteiros_mol_cog, part_res_com,
parte_res_cog, parte_mol_com, parte_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-selecionar
Posicione pares para calcular distâncias para
-len (0.1).
Distância média para histograma
-para mim (1).
Largura da distribuição total como fração de -len
-binw (0.001).
Largura do compartimento para histograma
Use gmx-distance online usando serviços onworks.net
