gmt-music-bmr-calc-wig-covgp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmt music bmr calc-wig-covg - Numărați bazele acoperite per genă pentru fiecare pistă de mișcare dată
fișier format.

VERSIUNE

Acest document descrie gmt music bmr calc-wig-covg versiunea 0.04 (2016-01-01 la 23:10:19)

REZUMAT

gmt music bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--output-dir=?

Utilizare generală:

... muzica bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir/wig_list \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

NECESARE ARGUMENTE

roi-file Text
Lista delimitată de tabulatori de ROI [chr start stop gene_name] (vezi descrierea)

secvență-referință Text
Calea către secvența de referință în format FASTA

lista de peruci Text
Lista delimitată de tabulatori de fișiere WIG [sample_name wig_file] (vezi descrierea)

output-dir Text
Director în care vor fi scrise fișierele de ieșire și subdirectoarele

DESCRIERE

Acest script numără baze cu o acoperire suficientă în ROI-urile fiecărei gene din date
mișcă fișierele în format de urmărire și le clasifică în - AT, CG (non-CpG) și CpG.
De asemenea, adună aceste numere de bază pentru toate ROI-urile fiecărei gene pentru fiecare probă, dar
bazele acoperite care se află în suprapunerea ROI nu sunt luate în considerare de mai multe ori
aceste numere totale.

ARGUMENTE

--roi-file
Regiunile de interes (ROI) ale fiecărei gene sunt de obicei regiuni vizate
secvențierea sau sunt exon loci îmbinați (din transcrieri multiple) ale genelor cu 2-bp
flancuri (joncțiuni de îmbinare). Pentru numărul de baze per genă, va fi o bază suprapusă
numărat de fiecare dată când apare într-un ROI al aceleiași gene. Pentru a evita acest lucru, asigurați-vă că
îmbina împreună ROI-uri suprapuse ale aceleiași gene. mergeBed de la BEDtools poate ajuta dacă este folosit
pe genă.
--secvență-de-referință
Secvența de referință în format FASTA. Dacă nu este găsit un index al secvenței de referință
lângă acest fișier (un fișier .fai), acesta va fi creat.
--lista-peruci
Furnizați un fișier care să conțină numele eșantioanelor și locațiile fișierelor în formatul track-ului pentru
fiecare. Utilizați formatul delimitat de tabulatori [sample_name wig_file] pe linie. Coloane suplimentare
ca datele clinice sunt permise, dar ignorate. Numele eșantionului trebuie să fie același cu
numele eșantioanelor tumorale utilizate în fișierul MAF (coloana a 16-a, cu antetul
Tumor_Sample_Barcode).
--output-dir
Specificați un director de ieșire în care vor fi create/scrise următoarele: roi_covgs:
Subdirector care conține numere de bază acoperite per ROI pentru fiecare probă. gene_covgs:
Subdirector care conține numere de baze acoperite pe genă pentru fiecare probă. total_covgs:
Fișier care conține acoperirile generale care nu se suprapun pe eșantion.

Utilizați gmt-music-bmr-calc-wig-covgp online folosind serviciile onworks.net