gmt-music-clinical-corelationp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmt music clinical-corelation - Corelați trăsăturile fenotipice cu genele mutante sau
împotriva variantelor individuale

VERSIUNE

Acest document descrie versiunea de corelare clinică a muzicii gmt 0.04 (2016-01-01 la
23:10:19)

REZUMAT

gmt music clinical-corelation --bam-list=? --output-file=? [--maf-file=?]
[--glm-clinical-data-file=?] [--use-maf-in-glm] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--clinic-corelation-matrix-file=?] [--input-clinic-corelation-matrix-file=?]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinic-data-file=?] [--numerical-data-test-method=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-model-file=?]

... corelație clinică muzicală \
--bam-list /cale/myBamList.tsv \
--maf-file /cale/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--genetic-data-type „genă” \
--output-file /cale/fișier_ieșire

... corelație clinică muzicală \
--maf-file /cale/myMAF.tsv \
--bam-list /cale/myBamList.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--genetic-data-type „genă” \
--output-file /cale/fișier_ieșire

... corelație clinică muzicală \
--maf-file /cale/myMAF.tsv \
--bam-list /cale/myBamList.tsv \
--output-file /cale/fișier_ieșire \
--glm-model-file /path/model.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/glm_clinical_data.tsv \
--use-maf-in-glm

NECESARE ARGUMENTE

bam-list Text
Lista delimitată de file de fișiere BAM [nume_probă, normal_bam, tumor_bam] (vezi descrierea)

fisier de iesire Text
Rezultatele instrumentului de corelare clinică. Va avea sufix adăugat pentru tipul de date

OPTIONAL ARGUMENTE

maf-file Text
Lista mutațiilor folosind specificația TCGA MAF v2.3

glm-clinic-date-file Text
Trăsături clinice, profiluri mutaționale, alte date clinice mixte (vezi DESCRIEREA)

use-maf-in-glm boolean
Creați o matrice de variante din fișierul MAF ca intrare de variantă pentru analiza GLM.

Valoarea implicită „false” (--nouse-maf-in-glm) dacă nu este specificată

nouse-maf-in-glm boolean
Faceți ca use-maf-in-glm să fie „fals”

săriți fără codare boolean
Omiteți mutațiile necodante din fișierul MAF furnizat

Valoarea implicită „adevărată” dacă nu este specificată

noskip-non-coding boolean
Faceți săriți fără codare „fals”

sari-tacut boolean
Omite mutațiile silențioase din fișierul MAF furnizat

Valoarea implicită „adevărată” dacă nu este specificată

noskip-tăcut boolean
Faceți skip-silent „fals”

fisier-matrice-corelatie-clinica Text
Specificați un fișier pentru a stoca matricea eșantion-vs-genă creată în timpul calculelor

fisier-matrice-de-corelare-intrare-clinic Text
În loc să creați acest lucru din MAF, introduceți matricea eșantion-vs-genă pentru
calcule

tip-date-genetice Text
Corelați datele clinice cu datele la nivel de „genă” sau „variantă”.

Valoarea implicită „genă” dacă nu este specificată

fisier-date-numerice-clinice Text
Tabel de eșantioane (y) față de categoria de date clinice numerice (x)

metoda-test-date-numerice Text
Fie „cor” pentru corelația Pearson, fie „wilcox” pentru testul Wilcoxon Rank-Sum pentru
date clinice numerice

Valoarea implicită „cor” dacă nu este specificată

fişier-date-categorice-clinice Text
Tabel de mostre (y) vs. categoria de date clinice categorice (x)

fișier-model-glm Text
Fișier care descrie tipul de model, variabila de răspuns, covarianțele etc. pentru GLM
analiză. (Vezi descrierea)

DESCRIERE

Această comandă leagă trăsăturile clinice și datele mutaționale. Oricare poate performa
analiza corelației dintre mutațiile înregistrate într-un MAF și fenotipicul particular
trăsături înregistrate în fișierele de date clinice pentru aceleași probe, sau se poate rula un generalizat
analiza modelului liniar (GLM) pe aceleași tipuri de date.

Fișierele de date clinice pentru corelare trebuie separate între numerice și categoriale
date și trebuie să respecte aceste convenții:

· Anteturile sunt necesare

· Fiecare fișier trebuie să includă cel puțin 1 coloană sample_id și 1 coloană cu atribut, cu
format fiind [sample_id clinical_data_attribute_1 clinical_data_attribute_2 ...]

· ID-ul eșantionului trebuie să se potrivească cu ID-ul eșantionului listat în MAF sub „Tumor_Sample_Barcode”
pentru relaţionarea mutaţiilor acestei probe.

Rețineți importanța antetelor: antetul pentru fiecare atribut_date_clinice va fi
apar în fișierul de ieșire pentru a indica relațiile cu datele mutației din MAF.

Intern, datele de intrare sunt introduse într-un script R care calculează o valoare P reprezentând
probabilitatea ca corelația observată între mutațiile din fiecare genă (sau variantă)
iar fiecare trăsătură fenotipică este aleatorie. Valorile P mai mici indică aleatorie sau probabilitate mai mică
corelații adevărate.

Rezultatele sunt salvate în numele fișierului de ieșire dat cu un sufix; „.numeric.csv”
vor fi anexate pentru rezultate derivate din date clinice numerice și „.categorical.csv”
vor fi anexate pentru rezultate derivate din date clinice categorice. De asemenea, „.glm.csv” va
să fie atașat la numele fișierului de ieșire pentru rezultatele GLM.

Analiza GLM acceptă un fișier de date clinice mixte numerice și categorice, introdus folosind
parametru --glm-clinic-data-file. Datele clinice GLM trebuie să respecte formatele descrise
de mai sus pentru fișierele de date clinice de corelare. GLM solicită, de asemenea, utilizatorului să introducă a
--glm-model-file. Acest fișier necesită antete specifice și definește analiza care urmează să fie
executat destul de exact. Iată convențiile necesare pentru acest fișier:

· Coloanele trebuie ordonate astfel:

· [type_analiza_date_clinice_trait_name variant/gene_name covariates memo]

· Coloana „analysis_type” trebuie să conţină fie „Q”, indicând o trăsătură cantitativă, fie
„B”, care indică o trăsătură binară va fi examinată.

· „Numele_trăsăturii_datelor_clinice” este numele unei trăsături de date clinice definite prin a
antetul din --glm-clinical-data-file.

· „variant/gene_name” poate fi fie numele uneia sau mai multor coloane din
--glm-clinical-data-file sau numele uneia sau mai multor nume de gene mutante din MAF,
separate prin „|”. Dacă această coloană este lăsată necompletată sau, în schimb, conține „NA”, atunci fiecare
coloana fie din matricea de mutații variante (--use-maf-in-glm) fie, alternativ, din
--glm-clinical-data-file este folosit consecutiv ca coloană variantă în mod independent
analize.

· „covariate” sunt numele uneia sau mai multor coloane din --glm-clinical-data-file,
separate prin „+”.

· „Memo” este orice notă considerată utilă utilizatorului. Acesta va fi tipărit în datele de ieșire
fișier pentru referință.

Analiza GLM poate fi efectuată folosind numai datele introduse în --glm-clinical-data-file,
așa cum este descris mai sus, sau alternativ, datele mutaționale din MAF pot fi incluse ca
variante în analiza GLM, așa cum este descris mai sus. Utilizați indicatorul --use-maf-in-glm pentru a
includeți matricea de mutații derivată din maf ca date variante.

Rețineți că toate fișierele de intrare atât pentru corelație, cât și pentru analiza GLM trebuie să fie separate prin tabulatori.

ARGUMENTE

--bam-list
Furnizați un fișier care conține numele eșantioanelor și locațiile BAM normale/tumorale pentru fiecare. Utilizare
formatul delimitat de tabulatori [nume_probă normal_bam tumor_bam] pe linie. Numai acest instrument
are nevoie de sample_name, astfel încât toate celelalte coloane pot fi sărite. Numele eșantionului trebuie să fie
la fel ca numele eșantioanelor de tumoră utilizate în fișierul MAF (coloana a 16-a, cu antetul
Tumor_Sample_Barcode).

Utilizați gmt-music-clinical-correlationp online folosind serviciile onworks.net