Aceasta este comanda maskseqe care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
maskseq - Scrieți o secvență cu regiuni mascate
REZUMAT
mascaseq -secvenţă secvenţă -regiuni gamă [-pentru a reduce comutare] -maskchar şir
-outseq seqout
mascaseq -Ajutor
DESCRIERE
mascaseq este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comenzi „Editare”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secvenţă secvenţă
Necesar secțiune
-regiuni gamă
Regiuni de mascat. Un set de regiuni este specificat de un set de perechi de poziții. The
pozițiile sunt numere întregi. Ele sunt separate prin orice caracter fără cifre, non-alfa.
Exemple de specificații ale regiunii sunt: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
Suplimentar secțiune
-pentru a reduce comutare
Regiunea poate fi „mascata” prin conversia caracterelor secvenței în minuscule, unele
programele non-EMBOSS, de exemplu fasta, pot interpreta aceasta ca o regiune mascata. Secvența este
neschimbat în afară de schimbarea cazului. Poate doriți să vă asigurați că întreaga secvență
este cu majuscule înainte de a masca regiunile specificate în minuscule utilizând
steag '-cina'. Valoarea implicită: N
-maskchar şir
Caracter de folosit la mascare. Implicit este „X” pentru secvențele de proteine, „N” pentru nucleic
secvente. Dacă caracterul masca este setat să fie caracterul SPAȚIU sau un caracter nul,
apoi secvența este „mascata” prin schimbarea acesteia în litere mici, la fel ca în cazul
steag „-minuscule”. Valoare implicită: @($(acdprotein)?X:N)
producție secțiune
-outseq seqout
Utilizați maskseqe online folosind serviciile onworks.net
