Это команда Maskseqe, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Maskseq — запись последовательности с замаскированными областями.
СИНТАКСИС
маскасек -последовательность последовательность -регионы ассортимент [-снизить тумблер] -маскар string
-outseq вывод
маскасек -Помощь
ОПИСАНИЕ
маскасек это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Редактировать».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-последовательность последовательность
необходимые .
-регионы ассортимент
Регионы для маскировки. Набор регионов задается набором пар позиций.
позиции - целые числа. Они разделяются любыми нецифровыми, не альфа-символами.
Примеры спецификаций региона: 24-45, 56-78 1:45, 67 = 99; 765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
дополнительный .
-снизить тумблер
Область можно «замаскировать» путем преобразования символов последовательности в нижний регистр, некоторые
Программы, не относящиеся к EMBOSS, например fasta, могут интерпретировать это как замаскированную область. Последовательность
без изменений, кроме смены корпуса. Вы можете убедиться, что вся последовательность
находится в верхнем регистре перед маскированием указанных областей в нижний регистр с помощью
флаг -supper. Значение по умолчанию: N
-маскар string
Персонаж, используемый при маскировке. По умолчанию «X» для белковых последовательностей, «N» для нуклеиновых последовательностей.
последовательности. Если в качестве символа маски задан символ ПРОБЕЛА или нулевой символ,
тогда последовательность "маскируется" путем изменения ее на нижний регистр, как и в случае с
Флаг '-lowercase'. Значение по умолчанию: @ ($ (acdprotein)? X: N)
Результат .
-outseq вывод
Используйте Maskseqe онлайн с помощью сервисов onworks.net.
