mincstats - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mincstats - tính toán số liệu thống kê đơn giản trên các voxels của tệp minc

SYNOPSIS

mincstats [ ] .mnc

MÔ TẢ

Mincstats sẽ tính toán các biện pháp thống kê đơn giản trên tất cả các voxels của tệp minc.
Lưu ý rằng đây là các biện pháp thống kê toàn cầu chứ không phải các biện pháp voxel-by-voxel (xem
tối thiểu vì điều đó). Theo mặc định, tất cả số liệu thống kê đều được tính toán. Nếu có bất kỳ số liệu thống kê nào
được yêu cầu thông qua tùy chọn dòng lệnh, sau đó chỉ các số liệu thống kê được yêu cầu mới được in.

Một tính năng rất hữu ích của chương trình này là khả năng hạn chế tập hợp các voxels
được đưa vào tính toán thống kê, bằng cách hạn chế phạm vi của các giá trị được đưa vào,
hoặc bằng cách sử dụng tệp mặt nạ có phạm vi hạn chế. Nhiều phạm vi cho tệp đầu vào hoặc
tập tin mặt nạ có thể được chỉ định. Đối với từng phạm vi giá trị âm lượng được bao gồm và cho từng phạm vi
của các giá trị mặt nạ, số liệu thống kê liên quan sẽ được in ra (giá trị n*m, trong đó n là số
của phạm vi âm lượng và m số lượng phạm vi mặt nạ). Những tính toán này được thực hiện một cách
truyền qua dữ liệu, do đó việc chỉ định nhiều phạm vi sẽ nhanh hơn nhiều so với việc chạy
chương trình nhiều lần. Điều này khá hữu ích khi tính toán nhiều mức trung bình trong khu vực với
Khối lượng mặt nạ VOI.

Cần đặc biệt đề cập đến biểu đồ và các biện pháp thống kê liên quan. Các
phạm vi mặc định của biểu đồ là từ giá trị nhỏ nhất trong tệp đến giá trị lớn nhất. TRONG
trường hợp không phổ biến nhưng đặc biệt khi số lượng thùng biểu đồ khớp chính xác với
số giá trị có thể có trong tệp (ví dụ: 256 thùng cho dữ liệu byte toàn dải),
biểu đồ có thể có một số tính năng kỳ lạ khi sử dụng phạm vi biểu đồ mặc định. Cái này
phát sinh từ việc rời rạc hóa dữ liệu sau đó được sắp xếp lại thành một
biểu đồ không khớp. Đối với ví dụ về dữ liệu byte, các giá trị nên được sử dụng là 256
thùng và phạm vi biểu đồ mở rộng nửa thùng dưới giá trị nhỏ nhất và nửa thùng
trên lớn nhất. Sử dụng tùy chọn -discrete_histogram để giải quyết vấn đề này một cách tự động hoặc sử dụng
-integer_histogram có các ngăn có chiều rộng đơn vị nếu dữ liệu đầu vào vốn là số nguyên
(ví dụ: dữ liệu nhãn). Nói chung, người ta nên cẩn thận về việc tái tạo các dữ liệu rời rạc.
dữ liệu thành biểu đồ có kích thước thùng gần với mức độ rời rạc.

LỰA CHỌN

Lưu ý rằng các tùy chọn có thể được chỉ định ở dạng viết tắt (miễn là chúng là duy nhất) và
có thể được đưa ra ở bất cứ đâu trên dòng lệnh. Thứ tự in số liệu thống kê
sẽ luôn giống nhau bất kể thứ tự chúng được yêu cầu trên
dòng lệnh

Tổng Quát lựa chọn

-có khăn
Ghi đè một tệp hiện có.

-noclobber
Không ghi đè lên tệp hiện có (mặc định).

-bèo thuyền
In ra thông tin bổ sung (nhiều hơn mặc định).

-Yên lặng Chỉ in ra các số được yêu cầu

-max_buffer_size_in_kb kích thước
Chỉ định kích thước tối đa của bộ đệm bên trong (tính bằng kbyte). Mặc định là 4 MB.

Không hợp lệ giá trị lựa chọn

-bỏ qua_nan
Loại trừ các giá trị không hợp lệ (nằm ngoài phạm vi hợp lệ) khỏi các phép tính thống kê. Đây là
mặc định.

-include_nan
Hãy coi các giá trị không hợp lệ là số 0 và đưa chúng vào các phép tính thống kê.

-replace_nan giá trị
Thay thế các giá trị không hợp lệ bằng giá trị được chỉ định và đưa giá trị mới vào
tính toán thống kê.

Khối lượng phạm vi lựa chọn

-sàn nhà min1,min2, ...
Danh sách giới hạn dưới được phân tách bằng dấu phẩy cho phạm vi dữ liệu cần đưa vào thống kê
phép tính.

-trần nhà max1,max2, ...
Danh sách giới hạn trên được phân tách bằng dấu phẩy cho phạm vi dữ liệu cần đưa vào thống kê
phép tính.

-phạm vi min1,max1,min2,max2, ...
Danh sách giới hạn dưới và giới hạn trên được phân tách bằng dấu phẩy cho các phạm vi dữ liệu cần đưa vào
tính toán thống kê.

-giá trị Val1,Val2, ...
Danh sách các giá trị số nguyên được phân tách bằng dấu phẩy để đưa vào tính toán thống kê. một phạm vi
của +/- 0.5 được xác định xung quanh mỗi giá trị được chỉ định.

-mặt nạ tên tệp.mnc
Tên tệp được sử dụng để che dấu dữ liệu có trong tính toán thống kê. Vì
để có bất kỳ hiệu ứng nào, bạn phải chỉ định phạm vi mặt nạ với một trong các mục sau
tùy chọn.

-mask_sàn min1,min2,...:
Như -sàn nhà, nhưng được áp dụng cho tệp mặt nạ.

-mask_ceil max1,max2, ...
Như -trần nhà, nhưng được áp dụng cho tệp mặt nạ.

-mask_range min1,max1,min2,max2, ...
Như -phạm vi, nhưng được áp dụng cho tệp mặt nạ.

-mask_binvalue Val1,Val2, ...
Như -giá trị, nhưng được áp dụng cho tệp mặt nạ.

Histogram lựa chọn

-biểu đồ tên tập tin
Chỉ định tên của tệp mà biểu đồ được ghi vào. Nếu nhiều phạm vi
hoặc phạm vi mặt nạ được chỉ định, sau đó tất cả biểu đồ được ghi vào tệp này,
cách nhau bằng dòng trống. Thông tin mô tả từng biểu đồ được ghi trước
nó ở dòng bắt đầu bằng ký tự băm (bảng). Những tập tin này có thể được tải
vào gnuplot.

-hist_bins số lượng thùng
Chỉ định số lượng thùng trong biểu đồ.

-thùng số lượng thùng
Từ đồng nghĩa với -hist_bins.

-hist_sàn phút
Chỉ định giới hạn dưới cho biểu đồ.

-hist_ceil tối đa
Chỉ định giới hạn trên cho biểu đồ.

-hist_range phút tối đa
Chỉ định phạm vi cho biểu đồ

-integer_histogram
Tạo các thùng có chiều rộng đơn vị, tập trung vào các giá trị nguyên. Điều này hữu ích cho
dữ liệu số nguyên như nhãn. Phạm vi biểu đồ được làm tròn đến số nguyên gần nhất,
sau đó mức tối thiểu được hạ xuống và mức tối đa được tăng lên 0.5. Số lượng thùng được lấy
như sự khác biệt của hai giá trị này. Lưu ý rằng 0.01 được thêm vào mức tối thiểu và
trừ đi giá trị tối đa trước khi làm tròn để đảm bảo rằng
phạm vi được chỉ định chính xác (ví dụ [0.5,255.5]) được giữ nguyên. Nếu bạn muốn có
các thùng số nguyên rộng hơn một, bạn sẽ phải tính ra phạm vi biểu đồ
và số lượng thùng cho mình và không sử dụng tùy chọn này.

-discrete_histogram
Cố gắng khớp biểu đồ với sự rời rạc của dữ liệu đầu vào. Đây là
thích hợp cho dữ liệu liên tục được lưu trữ dưới dạng số nguyên và
khi mong muốn chiều rộng thùng gần với độ rời rạc. Điều này tương tự như
-integer_histogram, ngoại trừ phạm vi biểu đồ lần đầu tiên được chuyển đổi thành voxel
các giá trị được làm tròn và kéo dài thêm nửa thùng ở hai bên. Voxel mới này
phạm vi sau đó được chuyển đổi trở lại giá trị thực. Số lượng thùng được lấy làm
sự khác biệt trong phạm vi giá trị voxel. Lưu ý rằng điều này không tính đến các biến thể
trong việc chia tỷ lệ từng lát, do đó các hiệu ứng biểu đồ kỳ lạ vẫn có thể xảy ra. Tùy chọn này là
nhằm mục đích đưa ra hành vi tương tự như hành vi của số liệu thống kê về khối lượng.

-int_max_bins số lượng thùng
Chỉ định biểu đồ lớn nhất có thể được điều chỉnh kích thước tự động bằng cách trên
tùy chọn. Giới hạn này ngăn chặn việc vô tình tạo ra các biểu đồ lớn. Tùy chọn này
thay thế cái cũ -max_bins tùy chọn trong MINC 1.1.

Cơ bản số liệu thống kê

-tất cả Tính toán tất cả các biện pháp thống kê. Đây là mặc định.

-nên Từ đồng nghĩa với -đếm (để tương tự với Volume_stats). Lưu ý rằng mặc dù đây là
cần thiết cho số liệu thống kê về khối lượng, nó không cần thiết ở đây, vì việc chỉ định bất kỳ thứ nào trong số này
tùy chọn tự động tắt -tất cả

-đếm Đếm số lượng voxels nằm trong phạm vi và mặt nạ.

-phần trăm
In phần trăm voxels trong phạm vi và mặt nạ

-âm lượng
In khối lượng của voxels trong phạm vi và mặt nạ (tính bằng mm).

-phút In giá trị tối thiểu.

-tối đa In giá trị lớn nhất

-Tổng In tổng của tất cả các giá trị.

-tổng2 In tổng bình phương của tất cả các giá trị.

-nghĩa là In giá trị trung bình.

-phương sai
In phương sai.

-stddev
In độ lệch chuẩn.

-sự lệch lạc
In độ lệch của mẫu (thời điểm thứ 3).

- độ nhọn
In độ nhọn mẫu (thời điểm thứ 4) .

-CoM In khối tâm. Cả tọa độ voxel và tọa độ thế giới đều là
được in. Tọa độ voxel được in theo thứ tự tập tin, trong khi thế giới
tọa độ được in theo thứ tự x, y, z.

-với Từ đồng nghĩa với -CoM.

-world_only
Chỉ in khối tâm trong tọa độ thế giới.

Histogram số liệu thống kê

Lưu ý rằng số liệu thống kê biểu đồ chỉ được lấy từ số lượng biểu đồ và thùng
tâm, do đó các kết quả như số trung vị sẽ không hoàn toàn giống với giá trị thực của
tất cả đều bao gồm voxels. Ví dụ: sai số ở dải phân cách có thể lớn bằng nửa thùng
chiều rộng. Hơn nữa, nếu phạm vi biểu đồ nhỏ hơn phạm vi biểu đồ của các điểm ảnh ba chiều đi kèm thì
kết quả chỉ áp dụng cho các điểm ảnh ba chiều có trong biểu đồ.

-hist_count
In số lượng voxels trong biểu đồ. Điều này có thể khác với số lượng
các điểm ảnh ba chiều được bao gồm và bị che nếu phạm vi biểu đồ nhỏ hơn phạm vi của
dữ liệu bao gồm.

-hist_percent
In phần trăm voxels có trong biểu đồ.

-Trung bình
In biểu đồ trung bình.

-số đông
In tâm thùng (giá trị cường độ) cho thùng có số lượng nhiều nhất.

-biModalT
In ngưỡng hai chế độ chia âm lượng thành hai lớp Mặc định là
để sử dụng phương pháp otsu (xem các tùy chọn bên dưới)

-otsu Sử dụng phương pháp được mô tả trong Otsu N, "Phương pháp lựa chọn ngưỡng từ mức xám
Biểu đồ", IEEE Trans on Systems, Con người và Điều khiển học. 1979, 9:1; 62-66 tới
tính ngưỡng

-kittler
Sử dụng thuật toán Kittler&Illingworth '86 để tính ngưỡng lưỡng kim.
Kittler, J. & Illingworth J., "Ngưỡng lỗi tối thiểu", Nhận dạng mẫu,
tập 19, trang 41-47, 1986.

-kapur Sử dụng Kapur và cộng sự. Thuật toán '85 để tính ngưỡng lưỡng kim. Kapur,
Sahoo & Wong "Một phương pháp mới để xác định ngưỡng ảnh mức xám bằng cách sử dụng entropy của
biểu đồ", Thị giác máy tính, đồ họa và xử lý hình ảnh, tập 29, trang
273-285, 1985.

-đơn giản
Sử dụng thuật toán trung bình đơn giản để tính ngưỡng lưỡng kim.
đắt hơn về mặt tính toán so với một số giải pháp thay thế và dường như không thực hiện được
Bạn đã làm rất tốt. Nhưng nó có vẻ mạnh mẽ hơn một số phương pháp khác.

-pctT In ngưỡng cần thiết cho một tỷ lệ phần trăm quan trọng cụ thể của biểu đồ.

-Sự hỗn loạn
In entropy Shannon.

H(x) = - Sum(P(i) * log2(P(i))

trong đó P(i) là xác suất bin

Chung lựa chọn cho tất cả các lệnh:

-Cứu giúp In tóm tắt các tùy chọn dòng lệnh và thoát.

-phiên bản
In số phiên bản của chương trình và thoát.

Sử dụng mincstats trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net